司机因拉烟叶以非法经营罪被逮捕后，检察院不起诉的可能理由主要包括以下几点：

1. 情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪：

   • 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，如果司机的行为虽然涉及非法经营，但情节显著轻微，对社会造成的危害不大，且根据法律规定不构成犯罪，那么检察院可以作出不起诉决定。例如，司机可能只是偶尔运输少量烟叶，且并未从中获取高额利润，也没有造成严重的市场秩序混乱或国家税收损失。

2. 犯罪已过追诉时效期限：

   • 如果司机的非法经营行为已经超过了法律规定的追诉时效期限，那么根据《刑事诉讼法》的相关规定，检察院将不再追究其刑事责任，从而作出不起诉决定。不过，这种情况在非法经营罪中相对较少见，因为非法经营罪通常涉及持续性的违法行为。

3. 经特赦令免除刑罚：

   • 如果司机因某种原因获得了国家的特赦，且该特赦令明确免除了其因非法经营罪应受的刑罚，那么检察院将依据特赦令作出不起诉决定。但这种情况同样较为罕见。

4. 依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉：

   • 非法经营罪并不属于告诉才处理的犯罪范畴，因此这一条在此情况下不适用。但值得注意的是，如果案件涉及其他告诉才处理的犯罪，且被害人没有告诉或撤回告诉，检察院将作出不起诉决定。

5. 犯罪嫌疑人、被告人死亡：

   • 如果司机在案件侦查、审查起诉或审判过程中死亡，那么根据《刑事诉讼法》的规定，检察院将不再追究其刑事责任，从而作出不起诉决定。

6. 证据不足或存在合理怀疑：

   • 证据不足不起诉：根据《刑事诉讼法》第一百七十五条第四款的规定，对于二次补充侦查的案件，检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。这意味着，如果检察院在审查起诉阶段发现案件证据不足以证明司机构成非法经营罪，或者存在合理的怀疑，那么它将作出不起诉决定。
   • 具体情形：例如，司机可能声称自己并不知道运输的是烟叶，或者对烟叶的来源、性质等存在误解；或者检察院无法证明司机具有非法经营的故意和目的；或者运输的烟叶数量、价值等未达到非法经营罪的立案标准等。

7. 其他法定或酌定不起诉情形：

   • 除了上述情形外，检察院还可能根据案件的具体情况，如司机的认罪态度、悔罪表现、社会危害性等，依法作出酌定不起诉的决定。例如，司机可能积极配合调查，主动交代问题，且其非法经营行为并未造成严重后果，那么检察院可能会考虑对其作出不起诉决定。

在处理此类案件时，建议司机及其家属积极与检察院沟通，了解案件的具体情况和不起诉的可能性。同时，也可以寻求专业律师的帮助，以便更全面地了解法律程序和权利保障措施。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。