针对员工用公司内部可能违规操作的秘密资料威胁公司的情况，公司可以采取以下措施来应对：

1. 立即评估威胁的真实性与严重性：

   • 公司应迅速组织内部法务或外部法律顾问，对员工所掌握的“秘密资料”进行评估，确认这些资料是否确实涉及公司违规操作，以及这些违规操作可能带来的法律后果和潜在损失。
   • 同时，评估员工威胁的具体内容、方式和目的，判断其是否构成敲诈勒索或其他违法行为。

2. 与员工进行沟通协商：

   • 在确认威胁的真实性和严重性后，公司可以尝试与员工进行沟通，了解其诉求和动机。
   • 如果员工提出的是合理诉求，如要求改善工作环境、提高待遇等，公司可以考虑在合法合规的前提下进行协商解决。
   • 如果员工的行为明显违法或不合理，公司应明确表明立场，拒绝任何非法要求，并告知员工其行为的法律后果。

3. 采取法律措施保护公司权益：

   • 报警处理：如果员工的行为涉嫌敲诈勒索、侵犯商业秘密或其他违法行为，公司应立即向公安机关报案，并提供相关证据材料。
   • 民事诉讼：公司还可以考虑向法院提起民事诉讼，要求员工停止侵害、赔偿损失等。在诉讼过程中，公司需要提供充分的证据证明员工的违法行为以及因此给公司造成的损失。
   • 内部处理：同时，公司也可以依据内部规章制度对员工进行纪律处分，如警告、记过、解雇等。但需注意，内部处理应遵循合法合规的原则，避免侵犯员工的合法权益。

4. 加强内部管理和合规建设：

   • 此次事件应作为公司加强内部管理和合规建设的一个契机。公司应审查并完善内部规章制度，确保各项操作合法合规。
   • 同时，加强对员工的法律教育和培训，提高员工的法律意识和合规意识，防止类似事件再次发生。

5. 考虑与员工签订保密协议和竞业限制协议：

   • 为了防止员工泄露公司秘密资料或利用这些资料进行不正当竞争，公司可以考虑与员工签订保密协议和竞业限制协议。
   • 保密协议应明确员工对公司秘密资料的保密义务和违约责任；竞业限制协议则应限制员工在离职后一定期限内不得在与公司有竞争关系的企业工作或从事与公司有竞争关系的业务。

可能面临的法律后果：

• 如果员工的行为构成敲诈勒索等违法行为，将面临刑事处罚，如有期徒刑、罚金等。
• 如果员工泄露了公司秘密资料或利用这些资料进行不正当竞争，将可能承担民事赔偿责任，并可能受到行政处罚。
• 公司如果未能妥善处理此类事件，也可能面临声誉损失、客户流失等间接损失。

建议：

• 公司在处理此类事件时，应保持冷静和理性，避免采取过激或违法的行为。
• 及时寻求法律专业人士的帮助，确保公司的应对措施合法合规且有效。
• 加强与员工的沟通和理解，尽量通过协商解决问题，减少不必要的法律纠纷和损失。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。