在银行逾期本金结清后，银行系统是否会先扣罚息，需分情况讨论：

1. 合同约定优先
   根据《民法典》第675条，借款人应按约定期限返还借款并支付利息。若贷款合同中明确约定“逾期后先扣罚息再扣本金”，银行系统会按此执行。例如，合同条款可能写明“逾期期间产生的罚息、复利优先于本金受偿”，此时银行有权优先扣除罚息。

2. 无明确约定时的处理规则
   若合同未约定扣款顺序，根据《商业银行信用卡业务监督管理办法》及银行业惯例，银行通常按“费用→利息→本金”的顺序扣款。但需注意：

   • 信用卡逾期：若涉及信用卡透支，银行可能优先扣收违约金、利息，再抵扣本金；
     
   • 普通贷款：部分银行可能按“先本金后利息”处理，但需以具体合同为准。
     建议：立即查看贷款合同中“还款顺序”或“逾期处理”条款，或联系银行客服确认扣款规则。

3. 罚息的合法性边界
   即使银行优先扣罚息，也需满足：

   • 罚息利率未超过合同成立时一年期LPR的4倍（根据《民间借贷司法解释》第25条，虽针对民间借贷，但银行贷款罚息也需遵循合理范围）；
     
   • 罚息计算方式（如复利）需在合同中明确约定，否则可能被认定为无效。
     示例：若合同约定罚息为日利率0.05%（年化18.25%），未超过法定上限，则合法；若约定“逾期后按本金5%每日计收罚息”，则可能因过高被调整。

4. 用户应对建议

   • 核实扣款明细：要求银行提供还款明细，确认扣款顺序及金额是否符合合同；
     
   • 协商调整：若罚息过高或扣款顺序不合理，可与银行协商调整还款计划；
     
   • 投诉渠道：若银行违规操作，可向当地银保监会或金融消费权益保护局投诉。

总结：银行是否优先扣罚息取决于合同约定，无约定时按行业惯例处理。建议优先核查合同条款，若存在争议，可进一步提供合同细节，我将协助分析具体条款的合法性及应对方案。