在交通事故导致人员伤亡且肇事者负有主要责任的案件中，关于取得对方谅解书后检察机关能否办理不予起诉的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要综合考虑多方面因素。

首先，谅解书的作用： 谅解书是被害人或其家属对肇事者表示谅解的书面证明，它反映了肇事者的悔罪态度以及被害人的宽容意愿。在司法实践中，谅解书通常会被视为一个从轻或减轻处罚的情节，但它并不直接决定检察机关是否起诉。

其次，检察机关的决策依据： 根据我国《刑事诉讼法》的相关规定，检察机关在决定是否起诉时，会全面考量案件的犯罪情节、后果、社会危害性，以及肇事者的认罪态度、悔罪表现等多方面因素。如果肇事者的行为情节显著轻微、危害不大，或者存在其他法定不起诉的情形（如犯罪已过追诉时效、经特赦令免除刑罚等），检察机关有可能作出不起诉决定。然而，在涉及人员伤亡的交通肇事案件中，由于这类案件往往对公共安全和社会秩序造成较大影响，检察机关在决定是否起诉时会更加审慎。

再者，具体案例分析： 在实际案例中，确实存在因取得谅解书而被检察机关不起诉的情况。但这通常发生在犯罪情节相对轻微，且肇事者积极赔偿被害人损失、表现出良好认罪态度和悔罪表现的案件中。如果案件造成了严重后果，如致人重伤或死亡，且肇事者存在逃逸等恶劣情节，即使取得了谅解书，检察机关也可能认为犯罪情节较重，不符合不起诉的条件。

最后，建议与指导： 对于肇事者而言，即使获得了谅解书，也应积极配合司法机关的调查和处理，如实陈述事实，尽力减轻犯罪情节和社会危害性。同时，肇事者及其律师可以通过积极赔偿、与受害方达成和解协议等方式来争取更好的法律结果，并在向检察机关提交相关申请时详细陈述理由和事实。对于受害者家属而言，应了解自身的民事权利，并在必要时寻求法律援助以维护自身权益。

综上所述，交通事故导致人员伤亡且肇事者负有主要责任的案件中，谅解书虽有一定作用，但并不能确保检察机关不起诉。检察机关会综合考虑案件的具体情况来决定是否起诉。因此，肇事者和受害者家属都应充分了解相关法律程序和自身权利义务，以便做出正确的法律决策。