结论概述：挂靠的公司被申请强制执行时，工程款打进去是否会被直接扣款，这主要取决于工程款是否属于被执行公司的财产以及法院的具体执行措施。以下从不同角度进行详细分析。
一、工程款是否属于被执行公司财产
若工程款属于被执行公司财产：
- 根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关执行规定，法院有权对被执行人的财产进行查封、扣押、冻结等强制执行措施。
- 如果工程款已经支付到被执行公司的账户，且该款项未被特定化或设定其他权利限制，那么该款项很可能被视为被执行公司的财产，从而面临被法院直接扣款的风险。
若工程款不属于被执行公司财产：
- 如果工程款尚未支付到被执行公司账户，或者虽然已支付但已被特定化（如设立了专户、质押等）或存在其他权利限制（如被其他法院查封、冻结），则该款项可能不被视为被执行公司的财产。
- 在这种情况下，即使被执行公司被申请强制执行，该工程款也不应被直接扣款，而是应根据具体情况进行相应处理，如提存、返还给实际施工人等。
二、法院的具体执行措施
查封、扣押、冻结：
- 法院在执行过程中，可能会对被执行公司的银行账户进行查封、扣押或冻结，以防止其转移财产。
- 如果工程款已支付到被执行公司账户，且该账户被法院查封、扣押或冻结，那么该款项将无法被支取，面临被扣款的风险。
划拨：
- 在满足一定条件下，法院有权直接划拨被执行公司银行账户中的资金以履行债务。
- 如果工程款属于被执行公司财产，且法院决定划拨该款项以履行债务，那么该工程款将被直接扣款。
三、实际施工人的权益保护
挂靠关系的法律性质：
- 挂靠关系在法律上通常不被认可，因为挂靠行为可能违反相关法律法规的规定，如建筑法中的资质要求等。
- 然而，在实际操作中，挂靠关系可能广泛存在，且实际施工人往往与被挂靠公司之间存在复杂的经济关系。
实际施工人的救济途径：
- 如果工程款被错误扣款或面临被扣款的风险，实际施工人可以通过法律途径维护自己的权益。
- 例如，实际施工人可以向法院提出执行异议，主张自己对工程款的所有权或优先受偿权；或者通过诉讼等方式确认与被挂靠公司之间的债权债务关系，并要求被挂靠公司返还或支付相应的工程款。
四、建议与措施
及时了解执行情况：
- 如果挂靠的公司被申请强制执行，实际施工人应及时了解执行情况，包括法院的执行措施、被执行公司的财产状况等。
保留相关证据：
- 实际施工人应保留与工程款相关的所有证据，如合同、发票、付款凭证等，以便在需要时证明自己对工程款的所有权或优先受偿权。
寻求法律帮助：
- 如果实际施工人面临工程款被扣款的风险或已经发生扣款情况，应及时寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的权益。
总结与提醒：挂靠的公司被申请强制执行时，工程款是否会被直接扣款取决于多种因素。实际施工人应密切关注执行情况，保留相关证据，并在必要时寻求法律帮助以维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。