结论：公司结账时扣除三个点的税且拒绝开具证明的行为可能存在问题，你可以通过与公司协商、向税务部门投诉或寻求法律途径来解决。

详细分析：

1. 公司扣税行为的合法性：

   • 根据相关法律法规，公司作为扣缴义务人，在代扣代缴个人所得税等税款时，应当向纳税人提供完税凭证或相关证明。这是公司的法定义务，也是保障纳税人权益的重要措施。
   • 如果公司扣除税款但拒绝开具证明，这可能违反了税收法律法规的规定，侵犯了你的知情权和其他合法权益。

2. 应对措施：

   • 与公司协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，要求公司开具扣税证明。在协商过程中，你可以明确表达自己的诉求和理由，即作为纳税人，你有权知道公司代扣代缴了多少税款，并要求公司提供相应的证明。
   • 向税务部门投诉：如果公司拒绝开具证明，你可以向当地税务部门投诉。税务部门有权对公司进行税务检查，并要求公司提供相关的税务资料和证明。如果税务部门发现公司存在违法行为，将会依法进行处理。
   • 寻求法律途径：如果公司仍然拒绝开具证明，并且你认为自己的权益受到了侵害，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。例如，你可以向法院提起诉讼，要求公司开具扣税证明并赔偿因此造成的损失。

3. 注意事项：

   • 在与公司协商或向税务部门投诉时，建议你保留好相关的证据，如工资条、扣税记录等，以便在需要时提供证明。
   • 如果你对税收法律法规不太了解，可以咨询专业的税务人员或律师，以便更好地维护自己的权益。

后续行动建议：

• 你可以先尝试与公司进行协商，明确表达自己的诉求和理由，要求公司开具扣税证明。
• 如果协商无果，你可以向当地税务部门投诉，并提供相关的证据和资料。
• 如果税务部门无法解决问题，或者你认为自己的权益受到了严重侵害，你可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。

法律背景：

• 根据《中华人民共和国税收征收管理法》等相关法律法规的规定，公司作为扣缴义务人，在代扣代缴税款时，应当向纳税人提供完税凭证或相关证明。
• 如果公司违反税收法律法规的规定，拒绝开具证明或存在其他违法行为，税务部门有权依法进行处理，并可能对公司进行罚款等处罚。

希望以上分析能对你有所帮助。如果你还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。