结论：关于工程款中垫资的5万元应从何处出的问题，这主要取决于各方之间的约定以及实际履行情况。以下从不同角度进行分析：
若各方有明确约定：
- 如果在工程款支付或垫资的相关协议中，已经明确约定了这5万元垫资的来源（例如，由某一方特定承担，或者从工程款中预留等），那么应当按照约定执行。这种情况下，垫资的5万元就从协议约定的来源中支付。
若各方无明确约定：
- 协商确定：在没有明确约定的情况下，各方应首先通过协商来确定这5万元垫资的来源。协商过程中，可以考虑各方的经济实力、工程贡献、风险承担等因素，以达成一个公平合理的解决方案。
- 按比例分担：如果协商无果，且各方均无法证明自己不应承担这部分垫资，那么可以考虑按照各方在工程中的投资比例或收益比例来分担这5万元垫资。例如，如果总工程款为50万元，其中一方投资了40万元，另一方投资了10万元（包括垫资的5万元中的部分或全部，但此处为简化说明，假设另一方未直接垫资），那么可以按照4:1的比例来分担这5万元垫资，即投资40万元的一方承担4万元，而另一方（如果其实际未垫资或垫资不足）则可能需要承担1万元（或根据其实际垫资情况调整）。但需注意，这种分担方式并非绝对，还需结合实际情况和公平原则进行判断。
- 法律途径解决：如果各方无法就垫资的来源达成一致，且协商和按比例分担等方式均无法解决问题，那么任何一方都有权通过法律途径来解决争议。此时，法院或仲裁机构将根据相关法律法规和案件事实，来裁决这5万元垫资的来源和分担方式。
法律背景与建议：
- 在工程款支付和垫资方面，各方应尽可能签订详细的协议，明确约定各自的权利和义务，包括垫资的来源、金额、支付方式、分担方式等。这样可以有效避免后续争议的发生。
- 如果发生争议，各方应首先尝试通过协商来解决。协商过程中，应保持冷静和理性，尊重对方的权益和诉求，以达成一个双方都能接受的解决方案。
- 如果协商无果，且争议涉及金额较大或情况复杂，建议及时咨询专业律师（即向我咨询，我专注于刑事辩护、合同纠纷领域），以获取更具体的法律建议和帮助。律师可以根据案件事实和相关法律法规，为当事人提供专业的法律意见和辩护策略。
可能法律后果：
- 如果各方无法就垫资的来源达成一致，且未通过法律途径解决争议，那么可能会导致工程款支付延迟、工程进度受阻等后果。甚至可能引发更严重的法律纠纷和诉讼风险。因此，建议各方在发生争议时及时寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。