核心结论：经营承包主合同到期但补充协议未到期时，具体处理方式需结合合同条款、法律规定及双方协商情况综合判断，常见处理方式包括以下两种：

1. 以补充协议约定为准，继续履行补充协议
   若补充协议明确约定“主合同到期后补充协议继续有效”或类似条款，则补充协议的效力不受主合同到期影响，双方应按补充协议约定继续履行义务。例如，补充协议可能约定承包期限延长至特定日期，或对主合同到期后的权利义务（如费用结算、资产交接）作出特殊安排。此时，任何一方擅自终止补充协议均可能构成违约，需承担违约责任。

2. 主合同到期导致补充协议无法履行时，可协商解除或终止
   若补充协议的履行依赖于主合同的核心条款（如承包标的、经营范围等），而主合同到期后未续签或标的物已返还，导致补充协议失去履行基础，则双方可协商解除补充协议。协商一致后，应签订书面终止协议，明确权利义务清算方式（如费用退还、损失赔偿）。若协商不成，任何一方可依据《民法典》第563条主张“合同目的无法实现”而解除合同，但需承担举证责任。

关键风险提示：

• 补充协议的独立性需以条款明确为前提，若未约定“主合同到期不影响补充协议效力”，则可能被认定为从合同，随主合同终止而终止。
  
• 若补充协议涉及特殊行业许可（如餐饮、建筑），需核查许可期限是否与协议期限匹配，避免因许可到期导致协议无效。
  
• 双方应保留主合同及补充协议的履行证据（如付款记录、交接单），以应对可能的纠纷。

建议行动步骤：

1. 立即审查主合同及补充协议条款，重点标注关于期限、终止、违约责任的约定；
   
2. 评估补充协议是否可独立履行，若存在障碍，应在主合同到期前30日与对方协商解决方案；
   
3. 若协商无果，可委托律师发送《律师函》明确立场，或直接向法院起诉确认协议效力及责任承担。
   

如有具体合同文本或争议细节，可进一步向我提供，我将结合条款内容出具专项分析意见。