在司法鉴定伤残等级确定后，赔偿问题主要涉及向用人单位或工伤保险机构申请赔偿，具体流程和部门取决于是否参加工伤保险以及伤残等级的具体情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、已参加工伤保险的情况
申请流程：
- 提交材料：首先，您需要准备相关的医疗证明、伤残等级鉴定书、工伤认定决定书等材料。
- 向工伤保险机构申请：将这些材料提交给当地的工伤保险机构（通常是社保局或其指定的部门），申请工伤保险待遇。
- 审核与支付：工伤保险机构会对您的申请进行审核，一旦审核通过，会按照规定的标准向您支付工伤保险待遇，包括一次性伤残补助金、伤残津贴（如适用）等。
赔偿部门：
- 工伤保险机构：是主要的赔偿部门，负责支付工伤保险待遇。
二、未参加工伤保险的情况
申请流程：
- 与用人单位协商：首先，您可以尝试与用人单位就赔偿问题进行协商，看是否能达成一致意见。
- 申请劳动仲裁：如果协商无果，您可以向当地的劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付相应的工伤赔偿。
- 提起诉讼：如果对劳动仲裁结果不满意，您还可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。
赔偿部门/责任方：
- 用人单位：在未参加工伤保险的情况下，用人单位是承担工伤赔偿责任的主体。
三、特殊情况：第三人侵权造成的工伤
- 双重赔偿请求权：如果工伤是由第三人侵权造成的（如交通事故、工作场所的第三方伤害等），您除了可以享受工伤保险待遇外，还可以向侵权人提起民事诉讼，要求侵权人承担民事赔偿责任。这种情况下，您可能需要同时与工伤保险机构和侵权人进行交涉。
- 赔偿部门/责任方：
- 工伤保险机构：支付工伤保险待遇。
- 侵权人：承担民事赔偿责任。
四、法律建议
- 及时申请：无论是否参加工伤保险，一旦伤残等级确定，您都应尽快准备相关材料并提交申请，以免错过时效。
- 保留证据：在整个过程中，务必保留好所有相关的医疗证明、鉴定书、工伤认定决定书等材料，这些将是您申请赔偿的重要依据。
- 寻求帮助：如果您在申请过程中遇到任何困难或疑问，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。
总结来说，司法鉴定伤残等级下来后，赔偿问题主要涉及向工伤保险机构或用人单位申请赔偿，具体流程和部门取决于是否参加工伤保险以及伤残等级的具体情况。在处理过程中，务必保留好相关证据并及时申请，以维护自己的合法权益。