关于京东员工迟到如何扣工资的问题，需结合京东内部规章制度、劳动合同约定以及《劳动法》《劳动合同法》等相关法律法规综合判断。以下分情况说明：

1. 若京东规章制度或劳动合同中明确约定了迟到扣工资的规则
   根据《劳动合同法》第四条，用人单位依法制定的规章制度（如考勤制度）经民主程序制定、公示或告知劳动者后，可作为管理依据。若制度中明确规定“迟到X分钟扣X元工资”，且该规则不违反法律强制性规定（如扣款后工资不低于当地最低工资标准），则京东可按制度执行。
   例如：若制度规定“迟到30分钟内扣50元，超过30分钟按旷工半日处理”，且员工月工资扣除后仍高于最低工资，则合法。

2. 若规章制度或合同未约定，或约定违法

   • 未约定时：根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位仅能对劳动者给单位造成经济损失时要求赔偿，且每月扣除部分不得超过工资的20%。迟到本身不属于直接经济损失，因此京东无权直接扣工资，但可依据《劳动合同法》第三十九条以“严重违反规章制度”为由解除合同（需制度明确“多次迟到属严重违纪”）。
     
   • 约定违法时：若制度规定“迟到一次扣全天工资”或扣款后工资低于最低标准，则属于违法克扣，员工可依据《劳动争议调解仲裁法》申请仲裁，要求补发工资并可能获赔赔偿金。

3. 特殊情形：迟到与旷工的界定
   若员工迟到时间较长（如超过半天），京东可能将其认定为旷工。根据《企业职工奖惩条例》（已废止，但部分企业仍参考），旷工通常按日工资的1-3倍扣款，但需以制度明确约定为前提。若无制度依据，直接按旷工扣款可能违法。

建议：

• 员工可先查阅劳动合同、员工手册中的考勤条款，确认扣款规则是否合法；
  
• 若认为扣款违法，可向京东人力资源部门提出异议，或向当地劳动监察大队投诉；
  
• 争议较大时，可收集考勤记录、工资条等证据，通过劳动仲裁维护权益。
  

如有进一步疑问（如具体扣款金额计算、证据收集等），可直接向我咨询。