核心结论：事业单位人员判刑后被开除又上诉终审，工资扣除情况需分阶段判断，且需结合单位规章制度、劳动合同及法律规定综合认定。以下分情况详细说明：

1. 判刑后至开除决定生效前的工资处理

根据《事业单位工作人员处分暂行规定》第二十二条，事业单位工作人员被依法判处刑罚的，给予降低岗位等级或者撤职以上处分。若单位已作出开除决定但尚未生效（如处于上诉期），工资扣除需分两种情形：

• 若单位规章制度明确规定“判刑即停发工资”：单位可暂停发放工资，但需保留劳动关系（因开除决定尚未生效）。此时工资扣除属于单位自主管理范畴，但扣除标准需合理（如仅发放基本生活费）。
• 若单位无明确规定：原则上应按原工资标准发放，但单位可依据《劳动合同法》第三十九条（劳动者被依法追究刑事责任，用人单位可解除合同）主张暂停发放，但需承担举证责任。

2. 上诉终审维持原判后的工资处理

若终审判决维持原判（即维持开除决定），工资扣除需分两步：

• 开除决定生效前：单位已停发工资的，无需补发；若未停发，单位可要求返还已发放工资（但实践中较少主张）。
• 开除决定生效后：劳动关系终止，单位无需再支付工资。但需注意：
  • 经济补偿金：因劳动者被追究刑事责任导致解除合同的，单位无需支付经济补偿金（《劳动合同法》第四十六条）。
  • 社保与公积金：单位需依法办理社保和公积金减员手续，但已缴纳部分无需退还。

3. 上诉终审改判无罪或撤销原判的工资处理

若终审判决改判无罪或撤销原判，工资处理需分两种情形：

• 开除决定被撤销：劳动关系恢复，单位需补发开除决定生效期间的工资（按原工资标准），并赔偿因此造成的损失（如社保断缴的补缴）。
• 开除决定未被撤销但判刑被撤销：需结合单位规章制度判断。若单位规章制度未将“判刑”作为开除唯一条件（如要求“严重违纪”），单位可能需承担违法解除责任，支付赔偿金（2N倍工资）。

4. 实务建议

• 对劳动者：若认为开除决定违法，可在收到决定后15日内申请复核，或向事业单位主管部门或同级事业单位人事综合管理部门提出申诉（《事业单位工作人员处分暂行规定》第三十九条）。
• 对单位：开除决定需经职工代表大会或全体职工讨论，并告知劳动者申诉权利（《劳动合同法》第四十三条）。若程序违法，可能面临撤销风险。

提示：工资扣除问题涉及劳动关系、刑事责任、单位规章制度等多重法律关系，建议结合具体案情（如判刑类型、单位规章制度内容、上诉理由等）进一步分析。如有疑问，可直接向我咨询。