事业单位员工是否有加班工资不能一概而论，需根据具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、事业单位性质与加班工资的关系
纳入公务员法管理的事业单位：
- 这类单位的工作人员通常不适用《劳动法》或《劳动合同法》，而是适用《公务员法》。
- 根据《公务员法》的规定，公务员在法定工作日之外加班的，应给予相应的补休，而非直接发放加班工资。
不参照公务员法管理且实行企业化管理的事业单位：
- 这类单位与员工签订的是劳动合同，完全适用《劳动合同法》和《劳动法》的相关规定。
- 如安排员工加班，必须按照法律规定支付加班工资。具体标准如下：
- 工作日加班：支付不低于工资的150%的工资报酬；
- 休息日加班且不能安排补休：支付不低于工资的200%的工资报酬；
- 法定休假日加班：支付不低于工资的300%的工资报酬。
其他不参照公务员法管理的事业单位（如医院、学校、科研机构等）：
- 这类单位中既有签订劳动合同的员工，也有签订聘用合同的员工。
- 对于签订劳动合同的员工，如加班，单位需支付加班工资，标准同上。
- 对于签订聘用合同的员工，是否支付加班工资及具体标准则需根据具体的法律法规、单位内部规定或合同约定来确定。有些单位可能会给予补休或其他形式的补偿。
二、加班工资的计算与发放
计算标准：加班工资的计算标准依据《劳动合同法》和《劳动法》的相关规定执行，如上所述。
工资基数的确定：
- 加班费的发放额关键是工资基数。
- 工资基数首先应按照劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定。
- 若劳动合同、集体合同没有约定，职工代表可与用人单位通过工资集体协商确定，并签订工资集体协议。
三、实际操作中的注意事项
了解单位规定：员工应详细了解自己所在单位关于加班工资的具体规定和政策，以便在必要时维护自己的合法权益。
保留相关证据：在加班过程中，员工应妥善保留好加班审批单、考勤记录等相关证据，以备不时之需。这些证据在维权过程中将起到关键作用。
合理维权：如果员工认为自己的加班工资权益受到侵害，可以通过合法途径进行维权。例如，向单位的人力资源部门反映情况、寻求劳动仲裁或法律诉讼等。在维权过程中，员工应保持冷静和理性，遵循法律程序和规定。
四、建议与总结
- 对于员工：在面临加班问题时，应首先明确自己的合同关系和单位性质，以便了解自己的权益和应得的待遇。同时，积极与单位沟通协商加班补偿事宜，确保自己的合法权益得到保障。
- 对于单位：在制定内部规章制度时，应充分考虑员工的合法权益，确保加班工资的支付符合法律法规的要求。同时，加强加班管理，避免不必要的加班和过度加班现象的发生。
综上所述，事业单位员工是否有加班工资是一个需要根据具体情况来判断的问题。员工在面临加班问题时，应积极了解自己的权益和应得的待遇，并通过合法途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。