结论：自然人帮朋友向银行申请贷款2900万，并在贷款成功后收取87万中介费的行为，其合法性取决于多个因素，包括是否具备合法资质、是否违反相关法律法规以及是否存在欺诈、高利贷等违法行为。一般情况下，若自然人不具备合法贷款中介资质或违反相关法律法规，该行为可能不合法。

分析：

1. 合法资质问题：

   • 根据相关法律法规，从事贷款中介服务通常需要获得相应的资质或牌照。如果自然人没有获得这些资质或牌照，而擅自从事贷款中介服务并收取费用，那么这种行为可能构成非法经营，是违法的。

2. 法律法规限制：

   • 贷款中介服务受到严格的监管，包括但不限于《中华人民共和国银行业监督管理法》、《中华人民共和国商业银行法》以及相关的地方性法规和规章。这些法律法规对贷款中介服务的经营范围、收费标准、信息披露等方面都有明确的规定。
   • 如果自然人在提供贷款中介服务过程中违反了这些法律法规，比如通过欺诈手段获取贷款、收取过高的中介费、未充分披露相关信息等，那么这种行为也是违法的。

3. 具体行为分析：

   • 在本案例中，自然人帮助朋友向银行申请贷款2900万，并收取了87万的中介费。这个中介费的比例（即贷款金额的3%）是否合法，需要看当地的相关法律法规以及市场惯例。如果当地法律法规对贷款中介费有明确的上限规定，且这个比例超过了上限，那么该行为就可能违法。
   • 此外，还需要考虑自然人在提供服务过程中是否存在欺诈、隐瞒重要信息等违法行为。如果存在这些行为，那么无论中介费的比例如何，该行为都是违法的。

4. 法律后果：

   • 如果自然人的行为被认定为违法，那么可能会面临行政处罚（如罚款、没收违法所得等）甚至刑事处罚（如非法经营罪等）。
   • 同时，如果因为自然人的违法行为导致朋友遭受了经济损失，朋友还有权要求自然人承担民事赔偿责任。

建议：

• 如果你或你的朋友正在考虑从事类似的贷款中介服务，建议先了解并遵守当地的法律法规，确保具备合法的资质和牌照。
• 在提供服务过程中，要诚实守信、充分披露相关信息，避免欺诈和隐瞒重要信息等违法行为。
• 如果对相关法律法规不了解或存在疑问，建议咨询专业的法律人士或机构以获取准确的法律意见。

额外提醒：

• 贷款中介服务市场复杂多变，存在诸多风险和陷阱。在选择贷款中介服务时，一定要谨慎选择、多方比较，避免陷入不必要的法律纠纷和经济损失。
• 如果你或你的朋友已经涉及到了类似的法律纠纷或问题，建议及时向我咨询以获取专业的法律帮助和支持。