结论前置：第一轮土地承包期内土地被别人占了，这种行为通常是违法的，但具体是否违法以及违法后的处理方式，还需根据土地性质、占用原因及具体情况来判断。
一、土地性质与占用行为的违法性
农村土地承包经营权：
- 根据《中华人民共和国农村土地承包法》的相关规定，农村土地承包经营权受法律保护，任何组织和个人不得侵犯。承包方依法享有承包地使用、收益和土地承包经营权流转的权利，有权自主组织生产经营和处置产品。
- 若在第一轮土地承包期内，土地被他人非法占用，这明显侵犯了承包方的土地承包经营权，是违法的。
宅基地使用权：
- 宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地。宅基地使用权同样受法律保护，非经法定程序，不得随意侵占。
- 若宅基地在承包期内（虽宅基地通常不直接与“承包期”关联，但此处为广义理解土地使用期限）被他人非法占用，也构成对宅基地使用权的侵犯，是违法的。
二、占用原因及具体情况的影响
合法占用与非法占用：
- 合法占用通常指基于法律、行政法规的规定，或经土地权利人同意而进行的占用。例如，因公共利益需要进行的土地征收，且已依法给予补偿的，属于合法占用。
- 非法占用则指未经土地权利人同意，或未依法取得土地使用权而进行的占用。这种占用行为是违法的，应受到法律的制裁。
占用行为的后果：
- 非法占用土地可能导致土地权利人遭受经济损失，如土地收益减少、土地改良费用无法收回等。
- 非法占用者可能面临法律责任，包括返还土地、恢复原状、赔偿损失等民事责任，以及可能的行政处罚或刑事责任。
三、具体处理方式
协商解决：
- 在发现土地被占用后，承包方或宅基地使用权人可以首先尝试与占用者进行协商，寻求和平解决的方式。
行政投诉：
- 若协商无果，可以向当地土地管理部门或农村土地承包仲裁机构投诉，请求他们介入调查并处理。
法律诉讼：
- 若行政投诉未能解决问题，承包方或宅基地使用权人可以向人民法院提起诉讼，要求占用者停止侵害、返还土地、赔偿损失等。
四、特殊情况考虑
- 土地流转中的占用：若土地是在承包期内依法流转给他人使用的，且流转合同中明确约定了使用期限和条件，那么在此期限内，受让方对土地的使用是合法的。但若超出约定期限或违反约定条件使用土地，则可能构成违法。
- 历史遗留问题：对于一些历史遗留的土地占用问题，如因历史原因形成的“一户多宅”或土地权属不清等，需要依据相关法律法规和政策进行妥善处理。
总结与建议：第一轮土地承包期内土地被别人占了，这种行为通常是违法的。但具体是否违法以及如何处理，还需根据土地性质、占用原因及具体情况来判断。若遇到此类问题，建议首先尝试与占用者协商解决；若协商无果，可以向当地土地管理部门或农村土地承包仲裁机构投诉；必要时，可以向人民法院提起诉讼以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。