结论：店铺租赁中乙方违约时，甲方是否需退还剩余租金，这主要取决于租赁合同中的具体约定以及违约的具体情形。以下从不同角度进行分析：

1. 合同有明确约定：

   • 如果租赁合同中明确规定了乙方违约时，甲方有权扣除违约金并无需退还剩余租金，那么甲方可以依据合同条款行事，无需退还剩余租金。
   • 反之，如果合同中约定了乙方违约时，甲方在扣除违约金后还需退还剩余租金，那么甲方应当按照合同约定执行。

2. 合同无明确约定或约定不明：

   • 在这种情况下，我们需要参考《中华人民共和国民法典》中关于租赁合同和违约责任的相关规定。一般来说，如果乙方违约导致合同提前终止，甲方有权要求乙方承担违约责任，包括支付违约金。
   • 关于剩余租金的退还，如果合同没有明确约定，且违约行为并未导致甲方遭受实际损失（如房屋空置期间的租金损失等），那么甲方在扣除违约金后，可能没有法律上的依据继续扣留剩余租金。然而，如果违约行为确实给甲方造成了损失，且该损失超过了违约金数额，甲方有权要求乙方进行赔偿，但这并不意味着甲方可以自动扣留剩余租金，而是需要通过法律途径来主张赔偿。
   • 实际操作建议：在合同无明确约定的情况下，双方应首先尝试通过协商解决争议。如果协商不成，甲方可以寻求法律途径来维护自己的权益，比如向法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，法院或仲裁机构会根据具体情况来判断甲方是否有权扣留剩余租金。

3. 违约的具体情形：

   • 违约的具体情形也会影响甲方是否需退还剩余租金的决定。例如，如果乙方是因为不可抗力因素（如自然灾害、政府行为等）导致无法继续履行合同，那么甲方在扣除违约金后，可能需要考虑退还部分或全部剩余租金，以体现公平原则。
   • 如果乙方是恶意违约或存在严重过错，那么甲方在扣除违约金后，可能更有理由拒绝退还剩余租金。

法律背景与建议：

• 在签订租赁合同时，双方应尽可能明确约定违约责任和剩余租金的退还问题，以避免未来产生争议。
• 如果发生违约情况，双方应首先尝试通过协商解决争议，以节省时间和成本。
• 如果协商不成，甲方可以寻求法律途径来维护自己的权益，但在此过程中应确保自己的行为符合法律法规和合同约定。

可能法律后果：

• 如果甲方在不符合合同约定或法律法规的情况下扣留剩余租金，乙方有权向法院提起诉讼或申请仲裁来维护自己的权益。
• 如果甲方因乙方违约而遭受实际损失，且该损失超过了违约金数额，甲方有权要求乙方进行赔偿，但应通过合法途径来主张。

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