结论：人防设施面积在办理在建工程抵押时，通常是需要扣除的，但具体是否扣除还需结合当地政策、规划以及抵押合同的具体约定来确定。

分析说明：

1. 人防设施的性质：

   • 人防设施，即人民防空工程，是为了保障战时人员与物资掩蔽、人民防空指挥、医疗救护等而单独修建的地下防护建筑，以及结合地面建筑修建的战时可用于防空的地下室。
   • 根据相关法律法规，人防设施通常属于国家所有，或者由开发商按照规划要求建设并移交给人防部门管理。因此，其产权归属和用途可能受到特定限制。

2. 在建工程抵押的范围：

   • 在建工程抵押是指抵押人为取得在建工程继续建造资金的贷款，以其合法方式取得的土地使用权连同在建工程的投入资产，以不转移占有的方式抵押给贷款银行作为偿还贷款履行担保的行为。
   • 抵押范围通常包括土地使用权和地上建筑物、构筑物等，但具体范围需根据抵押合同和相关法律法规来确定。

3. 人防设施面积是否扣除的考量因素：

   • 当地政策：不同地区对于人防设施的管理和使用政策可能存在差异。有些地区可能明确规定人防设施面积不计入在建工程抵押范围，而有些地区则可能没有明确规定。
   • 规划要求：如果人防设施是按照规划要求必须建设的，且其产权归属和用途受到特定限制，那么在办理在建工程抵押时，这部分面积可能会被扣除。
   • 抵押合同约定：抵押合同是双方自愿达成的协议，如果合同中明确约定了人防设施面积不计入抵押范围，那么应当按照合同约定执行。

4. 实际操作建议：

   • 在办理在建工程抵押前，建议先了解当地政策、规划要求以及抵押物的具体情况。
   • 与抵押权人（如银行）充分沟通，明确抵押范围是否包括人防设施面积。
   • 在抵押合同中明确约定抵押范围，避免后续产生纠纷。

特殊场景：

• 如果人防设施已经转化为可合法使用的商业或住宅空间，并且取得了相应的产权证书，那么这部分面积在办理在建工程抵押时可能不会被扣除。但这种情况较为特殊，需要具体分析当地政策、规划以及产权证书的具体内容。

后续行动建议：

• 如果您在办理在建工程抵押时遇到人防设施面积扣除的问题，建议先咨询当地的人防部门或房地产管理部门，了解相关政策规定。
• 同时，也可以咨询我，我会根据您的具体情况和当地政策，为您提供专业的法律意见和解决方案。