商店拒绝公安机关检查是否违法，需分情况讨论：

1. 在合法检查情形下拒绝检查，属于违法行为

根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第八十七条：“公安机关对与违反治安管理行为有关的场所、物品、人身可以进行检查。检查时，人民警察不得少于二人，并应当出示工作证件和县级以上人民政府公安机关开具的检查证明文件。对确有必要立即进行检查的，人民警察经出示工作证件，可以当场检查，但检查公民住所应当出示县级以上人民政府公安机关开具的检查证明文件。”

• 合法检查的前提：公安机关进行检查时，必须依法出示工作证件和检查证明文件（紧急情况下出示工作证件即可当场检查，但检查公民住所仍需检查证明文件）。
• 拒绝合法检查的后果：若商店无正当理由拒绝公安机关的合法检查，可能构成阻碍执行职务的违法行为。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第五十条，阻碍人民警察依法执行职务的，处警告或者二百元以下罚款；情节严重的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款。

1. 在非法检查情形下拒绝检查，不属于违法行为

   • 非法检查的情形：若公安机关未依法出示工作证件或检查证明文件，或检查超出法定范围（如检查与治安管理无关的私人领域），则属于非法检查。
   • 拒绝非法检查的权利：商店有权拒绝非法检查，且此行为不构成违法。若公安机关因此采取强制措施，商店可依法维权（如向公安机关督察部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼）。

法律建议：

• 配合合法检查：商店应要求检查人员出示工作证件和检查证明文件，确认检查合法性后予以配合。
• 拒绝非法检查：若检查人员未依法出示证件或文件，或检查超出范围，商店可明确拒绝并记录检查人员信息、检查时间、地点等，以备后续维权。
• 及时维权：若因拒绝非法检查遭受不当处理，商店应尽快咨询专业律师，通过法律途径维护自身权益。

总结：商店拒绝公安机关检查是否违法，关键在于检查是否合法。合法检查需配合，非法检查可拒绝。如有疑问或遭遇不当处理，可直接向我咨询，我将为你提供专业法律支持。