水田非法挪用的问题，一般归自然资源部门（原国土资源部门）以及农业农村部门管理，具体还需根据挪用后的用途和性质来判断。以下从不同角度为你详细分析：

1. 从土地管理角度：

   • 水田作为耕地的一种，其保护和管理受到《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规的严格规范。如果水田被非法挪用，比如用于非农业建设（如建房、挖砂、采石等），这首先违反了土地管理法的相关规定。
   • 在这种情况下，自然资源部门（原国土资源部门）是主要的监管部门。他们负责土地资源的规划、管理、保护和合理利用，有权对非法挪用水田的行为进行查处，包括责令停止违法行为、恢复土地原状、罚款等。

2. 从农业管理角度：

   • 水田作为农业生产的重要基础，其保护和合理利用也受到农业农村部门的关注。如果水田被非法挪用，导致农业生产受到影响，农业农村部门也有权进行干预。
   • 农业农村部门可能会从保障农业生产、维护农民利益的角度出发，对非法挪用水田的行为进行调查，并协调相关部门进行处理。他们可能会要求挪用者恢复土地原状，或者采取其他措施来弥补对农业生产造成的损失。

3. 从挪用后的用途和性质角度：

   • 如果水田被非法挪用后用于商业开发、工业建设等非农业用途，这通常涉及更复杂的法律关系和利益冲突。在这种情况下，除了自然资源部门和农业农村部门外，还可能涉及规划、环保、建设等多个部门。
   • 各部门会根据各自的职责和法律法规，对非法挪用水田的行为进行联合查处。例如，规划部门可能会审查挪用行为是否符合城市规划要求；环保部门可能会评估挪用行为对环境的影响；建设部门可能会关注挪用行为是否违反了建筑法规等。

法律建议：

• 如果你发现水田被非法挪用，首先可以向当地的自然资源部门或农业农村部门举报，提供相关证据和信息，以便他们及时进行调查和处理。
• 在举报时，尽量提供详细的挪用情况、时间、地点、挪用者等信息，以便相关部门能够迅速定位问题并采取措施。
• 同时，你也可以关注相关部门的处理进展和结果，如果处理不当或存在不作为的情况，你可以考虑通过法律途径来维护自己的合法权益。

可能后果：

• 非法挪用水田的行为一旦被查实，挪用者可能会面临罚款、恢复土地原状、赔偿损失等法律责任。
• 如果挪用行为情节严重，构成犯罪的，挪用者还可能面临刑事责任的追究。

希望以上分析能够对你有所帮助。如果你还有其他关于房产问题（农村土地/宅基地）的法律疑问，可以直接向我咨询。