针对您提出的“占用水田哪个部门处理”的问题，这主要取决于占用水田的具体行为和性质。以下是我为您提供的详细解答：

首先，如果占用水田的行为涉及破坏耕地，如建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土等，这些行为主要由县级以上人民政府自然资源主管部门负责查处。自然资源主管部门侧重于耕地数量的保护和监管，对于此类违法行为，他们会根据《土地管理法》的相关规定，责令限期改正或治理，并可以并处罚款。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

其次，如果占用水田的行为导致土地荒漠化、盐渍化等，这主要由农业农村主管部门负责查处。农业农村主管部门会关注土地的质量和生态状况，对于因土地开发造成的土地退化问题，他们会采取相应的治理措施，并依法进行处罚。

另外，如果占用水田的行为涉及擅自占用农业灌溉水源或农田水利工程设施，如堆放阻碍农田水利工程设施蓄水、输水、排水的物体，或建设妨碍农田水利工程设施蓄水、输水、排水的建筑物和构筑物等，这些行为则由县级以上地方人民政府水行政主管部门负责查处。水行政主管部门会根据《农田水利条例》的相关规定，责令停止违法行为，限期恢复原状或采取补救措施，并依法进行处罚。

在实际操作中，各部门之间会加强信息沟通和执法协作，以确保对占用水田的违法行为进行及时、有效的查处。同时，各部门也会严格按照法定程序进行执法，保障当事人的合法权益。

因此，针对占用水田的问题，您需要根据具体行为和性质来判断应由哪个部门处理。如果涉及破坏耕地或土地退化问题，可联系自然资源主管部门或农业农村主管部门；如果涉及擅自占用农业灌溉水源或农田水利工程设施问题，则可联系水行政主管部门。希望这些解答能对您有所帮助。