核心结论：工程结算款低于进度款时，可通过核查合同条款、收集证据、协商谈判、申请第三方调解、仲裁或诉讼等途径解决，具体需结合合同约定和实际情况选择合适方式。以下是详细分析：

1. 核查合同条款
   首先需仔细审查施工合同中关于工程款支付的条款，重点关注：

   • 进度款支付条件：合同是否明确约定了进度款的计算方式、支付节点及比例（如按月完成工程量的70%支付）；
     
   • 结算款调整规则：合同是否允许在结算时对进度款进行核减（如因工程量变更、质量不合格、材料价格波动等）；
     
   • 争议解决条款：合同是否约定了争议解决方式（如协商、调解、仲裁或诉讼）。
     若合同明确约定结算款可低于进度款（如因业主方扣减质量保证金、变更工程量等），则需进一步分析扣减是否符合合同约定；若合同无明确约定，则业主方单方降低结算款可能构成违约。

2. 收集证据，固定事实
   无论合同如何约定，均需通过证据证明己方主张：

   • 进度款支付依据：保存已完成的工程量清单、验收单、进度款申请表及业主方确认文件；
     
   • 结算款差异原因：若业主方主张扣减，需要求其提供书面说明及依据（如质量不合格的检测报告、工程量变更的签证单）；
     
   • 沟通记录：保留与业主方协商的邮件、微信、会议纪要等，证明己方已积极主张权利。
     证据充分性直接影响后续维权效果，务必确保材料完整、真实且关联性强。

3. 协商谈判
   在证据充分的前提下，可主动与业主方协商，明确差异原因及解决方案：

   • 若因工程量变更导致扣减：要求业主方按合同约定调整结算款（如增减工程量对应价款）；
     
   • 若因质量争议导致扣减：可提议共同委托第三方检测机构复检，根据结果确定责任；
     
   • 若业主方无合理理由扣减：可要求其限期支付差额，并明确逾期付款的违约责任（如利息、违约金）。
     协商时需注意书面留痕，避免口头承诺无法兑现。

4. 申请第三方调解或仲裁/诉讼
   若协商无果，可根据合同约定选择以下方式：

   • 调解：向当地建设行政主管部门、行业协会或专业调解机构申请调解，成本较低且灵活性高；
     
   • 仲裁：若合同约定仲裁条款，可向约定的仲裁委员会申请仲裁，仲裁裁决具有终局性；
     
   • 诉讼：若合同未约定仲裁或仲裁条款无效，可向工程所在地法院提起诉讼，通过司法程序解决。
     选择途径时需考虑效率、成本及执行难度，例如仲裁通常比诉讼更快，但费用可能较高。

5. 特殊情形处理

   • 业主方破产或无力支付：及时申请财产保全，并在破产程序中申报债权；
     
   • 承包方资质问题：若因己方资质不符导致合同无效，可能需按实际完成工作量折价结算；
     
   • 政府投资项目：需关注财政审计流程，避免因审计延迟影响结算款支付。
     

建议行动步骤：

1. 立即整理合同及付款凭证，分析差异原因；
   
2. 向业主方发送书面函件，要求说明扣减依据并限期支付；
   
3. 若未获回应，委托律师发送律师函或直接启动调解/仲裁/诉讼程序；
   
4. 同步申请财产保全（如有必要），防止业主方转移资产。
   

如有进一步细节需补充（如合同具体条款、扣减金额等），可随时向我咨询，我会结合实际情况提供更精准的建议。