侵占集体土地和个人土地是违法行为，自然资源局在查实后会依据相关法律法规采取一系列处罚措施，具体包括行政处理、民事赔偿及可能的刑事处罚。以下是对这些处罚措施的详细解释：

一、行政处理

1. 责令退还：自然资源局会要求非法占用土地的单位或个人立即退还非法占用的土地，恢复土地的原状或合法用途。

2. 限期拆除与恢复：

   • 若违反土地利用总体规划，擅自将农用地改为建设用地，自然资源局将限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，并恢复土地原状。
   • 若符合土地利用总体规划，则没收这些建筑物和设施，并可并处罚款。罚款额根据非法占用土地的面积和性质，一般为每平方米100元以上1000元以下。

3. 行政处分：对非法占用土地单位的直接负责的主管人员和其他直接责任人员，自然资源局会依法给予行政处分，如警告、记过、降级、撤职等。

二、民事赔偿

1. 恢复原状：集体经济组织或个人土地的所有者有权要求侵占人将土地恢复至侵占前的状态，包括土壤质量、植被覆盖等。

2. 赔偿损失：侵占人需赔偿因土地被侵占而导致的直接经济损失，如农作物损失、土地利用价值减少等。同时，还需赔偿为维护集体土地权益而支出的合理费用，如律师费、诉讼费等。

三、刑事处罚

1. 非法占用农用地罪：

   • 根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条，违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大且造成农用地大量毁坏的，将处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
   • “数量较大”的标准依照相关司法解释，如非法占用基本农田五亩以上或非法占用基本农田以外的耕地十亩以上等。
   • “造成农用地大量毁坏”的标准指行为人非法占用农用地的行为导致土壤沙化、盐渍化、水土流失等，使农用地丧失种植条件和生产能力。

2. 量刑情节：

   • 犯罪情节较轻者，可能会被判处拘役并单处罚金。
   • 非法占用农用地面积较大、造成的毁坏后果严重或存在其他恶劣情节者，可能会接近五年有期徒刑并处罚金。

四、处理流程

1. 立案侦查：自然资源局在发现或接到举报后，会初步调查核实。若认为可能涉嫌犯罪，将移送公安机关立案侦查。

2. 审查起诉：公安机关侦查终结后，会移送人民检察院审查起诉。人民检察院对案件进行全面审查，决定是否提起公诉。

3. 审判：人民法院受理案件后，会组成合议庭进行审理，最终作出有罪或无罪的判决。被告人对判决不服的，可在法定上诉期限内提出上诉。

五、建议与注意事项

• 遵守法律法规：任何单位和个人都应严格遵守土地管理法规，不得擅自侵占集体土地或个人土地。
• 及时咨询：若对土地使用、流转等存在疑问或需求，应及时咨询当地政府部门或专业律师，如我本人，以确保行为的合法性和有效性。
• 积极配合调查：若被自然资源局调查或处罚，应积极配合调查工作，如实陈述事实，提供相关证据材料。

总之，侵占集体土地和个人土地是严重的违法行为，将面临严格的法律责任。因此，请务必遵守相关法律法规，不要擅自侵占土地。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。