当村民违法侵占集体土地时，这是一个涉及土地权益和法律规定的问题，需要按照相关法规妥善处理。以下是一些详细的建议和处理流程：
一、初步处理
首先，村集体有权并且应该要求侵占土地的村民立即停止侵占行为，并尝试通过协商沟通的方式，让该村民认识到自己的错误并主动改正，恢复土地原状。
二、向行政机关反映
反映途径：
- 如果协商无果，村集体应该及时向当地的乡镇政府或土地管理部门反映情况。
- 行政机关会依法介入调查，并根据实际情况下达责令停止违法行为的通知书或其他相关行政决定。
可能的行政措施：
- 依据《土地管理法》，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。
- 对违反土地利用总体规划擅自将农用地改为建设用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施，恢复土地原状，并可并处罚款。
三、法律责任
民事责任：
- 从民事角度，村集体作为土地所有权人，有权要求侵占者停止侵害、返还土地、恢复原状，并赔偿因侵占行为给村集体造成的损失。
行政责任：
- 如前所述，非法占用土地将面临责令退还、限期拆除、恢复土地原状及罚款等行政处罚。
刑事责任：
- 若非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，可能构成非法占用农用地罪。
- 根据《刑法》规定，此罪行将处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
四、后续处理
土地恢复原状：
- 侵占行为被制止后，需要明确土地恢复原状的责任。这可以是村民自行恢复，也可以在村集体的要求和协助下进行。
经济赔偿：
- 因土地侵占给村集体造成的经济损失，需要明确赔偿方式和标准。这通常通过协商或法律程序来确定。
异议申诉：
- 如果村民对处理结果存在异议，他们可以通过合法途径进行申诉，如向上级政府或法院提出复议或诉讼。
综上所述，处理村民违法侵占集体土地的问题需要综合考虑民事、行政和刑事三个方面的法律规定，并依法依规进行妥善处理。同时，也需要关注后续的土地恢复原状、经济赔偿和异议申诉等要点，以确保村集体的合法权益得到全面维护。