结论：土地转让合同未经发包方签字但履行多年且发包方未提出异议的，其效力需结合具体情况判断，但通常倾向于认定有效，不过仍存在被认定无效的风险。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律背景与规定
《农村土地承包法》相关规定：
- 根据《农村土地承包法》的相关规定，土地承包经营权流转应当遵循平等协商、自愿、有偿的原则，任何组织和个人不得强迫或者阻碍承包方进行土地承包经营权流转。同时，土地承包经营权流转的受让方须有农业经营能力，且在同等条件下，本集体经济组织成员享有优先权。
- 特别地，对于土地承包经营权的转让，法律要求需经发包方同意。这是为了保护集体经济组织的利益，确保土地流转的合法性和合理性。
合同效力的一般原则：
- 根据《民法典》的规定，依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。同时，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效，但是该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
二、判例分析与实务观点
倾向于认定有效的观点：
- 在实务中，如果土地转让合同已经实际履行多年，且发包方在此期间未提出异议，这通常被视为发包方对转让行为的默认或追认。在此情况下，法院可能会倾向于认定合同有效，以维护交易的稳定性和当事人的合法权益。
- 例如，在某些判例中，法院认为虽然土地转让合同未经发包方签字，但双方已经实际履行了合同义务，且发包方在多年内未提出异议，因此认定合同有效。
存在被认定无效的风险：
- 然而，也有观点认为，由于土地承包经营权的转让涉及集体经济组织的利益，且法律明确规定需经发包方同意，因此未经发包方签字的土地转让合同可能因违反法律强制性规定而被认定无效。
- 特别是在发包方明确表示反对或提出异议的情况下，法院更可能倾向于认定合同无效。
三、法律建议与风险提示
完善合同手续：
- 为避免法律风险，建议在签订土地转让合同时，务必确保发包方签字同意，并办理相关备案手续。这有助于确保合同的合法性和有效性，减少后续纠纷的可能性。
保留履行证据：
- 如果合同已经实际履行多年且发包方未提出异议，建议保留好相关履行证据，如付款凭证、土地使用证明等。这些证据在后续可能发生的纠纷中具有重要的证明作用。
咨询专业律师：
- 由于土地转让合同涉及复杂的法律关系和利益平衡，建议在签订或履行合同过程中咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和风险防控措施。
四、可能法律后果
合同有效的情况：
- 如果合同被认定有效，双方应继续履行合同义务，享受合同权利。同时，任何一方违反合同约定都可能承担违约责任。
合同无效的情况：
- 如果合同被认定无效，双方应恢复原状或采取其他补救措施。同时，因合同无效给对方造成损失的，应承担赔偿责任。此外，如果合同无效涉及违法行为的，还可能面临行政处罚或刑事责任。
总结：土地转让合同未经发包方签字但履行多年且发包方未提出异议的，其效力需结合具体情况判断。为避免法律风险，建议在签订和履行合同过程中严格遵守法律规定和合同约定，并咨询专业律师的意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。