私自到别人独栋住宅的楼顶种菜，主要侵犯了以下权利：

1. 所有权：

   • 法律解释：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。独栋住宅的楼顶作为住宅的一部分，其所有权归属于住宅的所有权人。
   • 具体侵犯：未经所有权人同意，私自在其楼顶种菜，侵犯了所有权人对楼顶的占有、使用和收益权。所有权人有权要求停止侵害、恢复原状，并可能要求赔偿损失。

2. 相邻权（如涉及相邻关系）：

   • 法律解释：虽然楼顶通常不被视为典型的相邻关系范畴，但如果种菜行为对相邻住户的通风、采光、排水等造成影响，则可能涉及相邻权的侵犯。相邻权是指不动产的相邻各方在行使所有权或使用权时，因相互间依法应当给予方便或接受限制而发生的权利义务关系。
   • 具体侵犯：若种菜行为导致相邻住户的通风、采光受阻，或者排水不畅等，则侵犯了相邻住户的相邻权。相邻住户有权要求停止侵害、排除妨碍。

3. 建筑物区分所有权（如涉及公寓或共有部分）的延伸思考（虽本题为独栋住宅，但为全面性考虑）：

   • 法律解释：在公寓等共有建筑中，楼顶可能属于共有部分，由全体业主共同所有。此时，任何业主未经其他业主同意，不得擅自占用或改变共有部分的使用用途。
   • 具体侵犯（本题不直接适用，但为理解全面性提及）：若在公寓楼顶私自种菜，则侵犯了其他业主对共有部分的共有权。其他业主有权要求停止侵害、恢复原状，并可能要求赔偿损失。

针对本题的具体建议：

• 与所有权人沟通：首先，建议与独栋住宅的所有权人进行沟通，了解其是否同意在楼顶种菜。若所有权人同意，并签订相关协议明确双方的权利义务，则可避免法律纠纷。
• 停止侵害并恢复原状：若所有权人不同意，或种菜行为已经对所有权人或相邻住户造成了损害，则应立即停止侵害行为，并恢复楼顶的原状。
• 赔偿损失：若因种菜行为给所有权人或相邻住户造成了经济损失，如楼顶损坏、相邻住户通风采光受阻导致的健康问题等，则应依法承担赔偿责任。

后续行动建议：

• 在进行任何可能涉及他人权益的行为前，务必先了解相关法律法规和权利归属情况。
• 若对法律问题存在疑问或不确定，可直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。