对于没有手续的工厂，行政机关可依法采取多种行政处罚措施，具体处罚方式需根据工厂违法情形及法律规定综合判定。以下从不同角度详细分析：

1. 处罚依据

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关行业法律法规（如《环境保护法》《安全生产法》《城乡规划法》等），未依法取得相关审批手续（如环评审批、安全生产许可、建设规划许可等）擅自开工建设或生产的工厂，属于违法行为，行政机关有权依法查处。

2. 常见处罚类型

   • 责令停止违法行为：行政机关可要求工厂立即停止建设或生产活动，防止违法状态持续。
   • 限期补办手续：若工厂符合补办条件，行政机关可责令其在规定期限内补办相关审批手续。
   • 罚款：根据违法情节轻重，行政机关可对工厂处以罚款。罚款数额因违法行为类型及地区差异而有所不同，例如：
     • 违反环保规定未批先建的，可能面临建设项目总投资额1%-5%的罚款（《环境保护法》第六十一条）；
     • 违反安全生产规定的，可能面临20万元至50万元的罚款（《安全生产法》第九十五条）。
   • 没收违法所得：若工厂通过违法生产获得收益，行政机关可依法没收违法所得。
   • 查封、扣押设施设备：对存在重大安全隐患或环境污染风险的工厂，行政机关可查封、扣押其生产设施设备。
   • 责令拆除或恢复原状：对违法建设的工厂，行政机关可责令其自行拆除违法建筑或恢复土地原状。

3. 处罚程序

   • 行政机关在处罚前需依法进行调查取证，确认工厂存在违法行为；
   • 处罚决定需以书面形式作出，并告知工厂处罚事实、理由、依据及救济途径；
   • 工厂有权在法定期限内申请行政复议或提起行政诉讼。

4. 特殊情形处理

   • 若工厂违法行为涉及多个领域（如同时违反环保、安全生产、规划等规定），行政机关可能依据不同法律分别处罚或联合处罚；
   • 对拒不执行处罚决定的工厂，行政机关可依法申请法院强制执行。

建议：若工厂存在手续不全问题，应尽快与行政机关沟通，了解具体违法情形及整改要求，积极补办手续或配合调查，以降低法律风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询。