结论：被国企按自动离职处理后，原军龄的缴费年限在大多数情况下是有效的，但具体效果可能因不同情境和法律规定而有所差异。以下从多个角度进行详细分析：
军龄与社保缴费年限的认定
- 法律依据：根据相关法律规定，军人服现役年限与入伍前和退出现役后参加职工基本养老保险的缴费年限合并计算。这意味着，军龄在社保缴费年限的计算中是被视同的，不受自动离职行为的影响。
- 实例说明：假设某职工有5年军龄，后在企业工作并自动离职。在达到法定退休年龄时，其军龄将与实际缴纳社保的年限合并，作为确定养老金待遇的依据之一。因此，自动离职并不会导致军龄在社保缴费年限中的失效。
军龄与本企业连续工龄的计算
- 连续工龄影响：自动离职可能会对职工在原单位的连续工龄产生影响，导致离职前的工作时间不被计入连续工龄。但军龄作为特殊工作经历，其计算通常不受此影响。军龄会单独作为连续工龄的一部分存在，并在需要时（如计算退休金、享受相关福利待遇等）被考虑进去。
- 新单位待遇关联：当职工进入新单位时，新单位在确定与工作年限相关的待遇（如带薪年休假天数）时，通常会将军龄计入总工作年限。因此，即使自动离职，军龄在新单位待遇的计算中仍然有效。
特殊情况下的军龄计算
- 军籍注销或军龄取消：如果员工因违法违纪等原因导致其军籍被注销或军龄被取消，那么这段军龄将不再被计算。但这种情况较为特殊，且需要明确的法律依据和程序支持。
- 重新参军情况：若员工离职后重新就业并再次参军，其新的军龄通常从重新参军的时间开始计算，与之前军龄无直接关联。但这并不影响之前军龄在社保缴费年限和连续工龄计算中的有效性。
建议与注意事项
- 政策差异：由于各地政策可能存在差异，建议有相关疑问的职工向当地社保部门、退役军人事务部门咨询了解具体政策。这样可以确保获取最准确、最权威的信息。
- 具体情况分析：军龄的计算和效果可能因个人具体情况和法律法规的变化而有所不同。因此，在实际操作中应具体问题具体分析，必要时可寻求专业律师的帮助以确保自身权益得到妥善维护。
总结：被国企按自动离职处理后，原军龄的缴费年限在大多数情况下是有效的。但为了确保自身权益得到妥善维护，建议职工在面临此类情况时及时咨询当地相关部门或专业律师以获取最准确、最权威的信息和建议。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。