结论：有合同的小产权房，一般情况下难以直接通过法院确认权属给儿子，但具体还需结合合同内容、小产权房的性质及当地政策等多方面因素综合判断。
分析说明：
小产权房的性质：
- 小产权房通常指的是在农村集体土地上建设的房屋，未办理相关证件，也未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，亦称“乡产权房”。
- 由于小产权房的产权性质特殊，其买卖、转让等行为往往受到法律的严格限制，甚至在某些情况下被视为无效。
合同的有效性：
- 即便双方签订了关于小产权房的买卖或赠与合同，该合同的有效性也可能因违反法律、行政法规的强制性规定而受到质疑。
- 如果合同内容违反了国家关于小产权房买卖、转让的相关规定，那么该合同可能被认定为无效合同，从而无法作为确认权属的依据。
法院确认权属的难度：
- 法院在确认房屋权属时，通常会依据国家法律法规、政策以及房屋的实际产权状况进行判断。
- 对于小产权房，由于其产权性质不明确，且往往涉及农村集体土地的使用权问题，因此法院在确认权属时会更加谨慎。
- 除非合同内容合法有效，且符合当地政策关于小产权房转让的规定，否则法院很难直接依据合同确认小产权房的权属。
可能的法律后果：
- 如果尝试通过法院确认小产权房的权属给儿子，但合同被认定为无效或法院不予确认权属，那么双方可能会面临合同无效的法律后果，包括返还财产、赔偿损失等。
- 此外，如果小产权房的买卖或转让行为违反了当地政策或法律法规，还可能面临行政处罚等风险。
建议与行动：
- 了解当地政策：在考虑将小产权房通过合同方式转让给儿子之前，应首先了解当地关于小产权房买卖、转让的相关政策规定。
- 咨询专业意见：由于小产权房的产权性质复杂且涉及法律风险较高，建议在做出决定前咨询专业律师或相关部门的意见。
- 谨慎处理合同：如果决定签订关于小产权房的合同，应确保合同内容合法有效，并明确双方的权利义务关系，以降低法律风险。
特殊场景：
- 如果当地政策允许小产权房在特定条件下进行转让或赠与，并且双方签订的合同符合这些条件，那么有可能通过法院确认权属。但这种情况较为罕见，且需要满足严格的条件。
后续思考：
- 在处理小产权房相关问题时，应充分考虑其产权性质的特殊性和法律风险的高发性。
- 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。