结论：在强制隔离戒毒（强戒）期间发现有刑事案件但最终不予起诉的情况下，您需要关注的是强戒措施的继续执行问题以及可能涉及的后续法律程序。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、强戒措施的继续执行
强戒的独立性：
- 强戒是一种行政强制措施，其目的是帮助吸毒人员戒除毒瘾，恢复健康，并防止其再次吸毒对社会造成危害。
- 刑事案件的处理结果（如不予起诉）通常不会直接影响强戒措施的继续执行。因此，即使刑事案件不予起诉，您仍可能需要继续完成强戒程序。
强戒期限的考量：
- 根据相关法律法规，强戒的期限一般为二年，但在特定情况下（如表现良好、有悔改表现等）可能提前解除或延长。
- 如果您在强戒期间被发现有刑事案件，但最终不予起诉，这通常不会改变强戒的原始期限，除非有新的法律事实或情况出现。
二、不予起诉后的法律程序
不予起诉的理由：
- 不予起诉可能基于多种理由，如证据不足、情节轻微、已过追诉时效等。
- 了解不予起诉的具体理由对于判断后续法律程序至关重要。
可能的后续行动：
- 申请解除强戒：如果您认为强戒措施已不再必要，或者您已成功戒除毒瘾，可以向相关部门申请提前解除强戒。这通常需要提供充分的证据证明您已具备自我控制能力，不再需要强制隔离。
- 申诉或复议：如果您对不予起诉的决定有异议，或者认为强戒措施存在不当之处，可以依法提出申诉或复议。但需要注意的是，申诉或复议通常针对的是具体的行政行为或司法决定，而非强戒措施本身（除非强戒措施本身存在违法或不当之处）。
- 关注个人权益：在强戒期间，您仍享有基本的法律权益，如人身自由、人格尊严等。如果强戒措施的执行过程中存在侵犯您权益的情况，您可以依法维护自己的权益。
三、建议与注意事项
咨询专业律师：
- 虽然我在这里为您提供了一些基本的法律分析，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您咨询一位专业律师，以便获得更具体、更个性化的法律建议。
保持合作态度：
- 在强戒期间，保持与相关部门的合作态度至关重要。这有助于您顺利完成强戒程序，并可能为您争取到更好的法律结果。
关注个人健康：
- 强戒期间，您的身体健康和心理健康都至关重要。请确保遵守强戒机构的规定，积极参与戒毒治疗和心理辅导等活动。
如果您在强戒期间遇到任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。