法院未在三日内对法官回避申请作出回复，一般属于不合法行为。以下从不同角度为你详细分析：

法律规定角度

根据《中华人民共和国民事诉讼法》第四十八条：“人民法院对当事人提出的回避申请，应当在申请提出的三日内，以口头或者书面形式作出决定。申请人对决定不服的，，可以在接到决定时申请复议一次。复议期间，被申请回避的人员，不停止参与本案的工作。人民法院对复议申请，应当在三日内作出复议决定，并通知复议申请人。”

从这一法律规定可以明确看出，法院对于当事人提出的法官回避申请，有在三日内作出决定的法定义务。如果法院没有在三日内回复，就违反了该法律规定的程序要求，属于不合法行为。

法律后果角度

1. 程序违法影响实体公正：法律设定回避制度以及相应的回复期限，是为了保障司法程序的公正性。如果法院未在规定时间内回复回避申请，可能会让当事人对司法程序的公正性产生合理怀疑，进而影响当事人对案件实体处理结果的接受度。例如，在一个民事侵权案件中，原告认为审理案件的法官与被告存在某种关系，可能影响案件的公正审理，于是提出了回避申请。如果法院没有及时回复，原告可能会觉得自己的合法权益没有得到应有的重视和保护，即使最终案件实体处理结果公正，原告也可能因为程序上的瑕疵而不认可。
2. 可能面临程序性制裁：虽然法律没有明确规定法院未在三日内回复回避申请的具体制裁措施，但这种程序违法行为可能会在上级法院的审判监督或者当事人的申诉、投诉过程中被发现。一旦被认定程序违法，可能会影响法院的司法形象和公信力，同时也可能成为上级法院撤销原判决、发回重审的理由之一。例如，在二审程序中，如果一方当事人以一审法院未及时回复回避申请为由，主张一审程序违法，二审法院经过审查认为该主张成立，可能会撤销一审判决，将案件发回一审法院重新审理。

特殊情况角度

当然，也存在一些特殊情况可能导致法院无法在三日内回复回避申请。比如，遇到不可抗力因素，如自然灾害、突发公共卫生事件等，导致法院无法正常开展工作，无法及时处理回避申请。在这种情况下，虽然法院未在三日内回复，但并不属于故意违法。不过，法院应当在不可抗力因素消除后，尽快对回避申请作出决定，并及时向当事人说明情况。

如果你遇到了法院未在三日内回复法官回避申请的情况，可以先与法院沟通了解原因。如果认为法院的行为严重影响了自己的合法权益，可以向上一级法院反映情况，或者通过申诉、投诉等途径维护自己的权益。如果你还有其他关于司法行政方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。