法院回避申请超过三日答复，若未违反法定程序或特殊规定，一般仍然有效，但具体需结合案件类型和法院规定来判断。以下从不同角度进行分析：

1. 一般程序规定

根据《中华人民共和国刑事诉讼法》及相关司法解释，对于回避申请的答复期限，法律并未明确规定法院必须在三日内作出决定，这与公安机关的处理期限（三日内）有所不同。法院在处理回避申请时，通常会遵循内部规定的程序，这些程序可能因法院而异，但一般会尽量在合理期限内作出答复，以确保诉讼程序的顺利进行。

• 若法院内部规定或惯例中有明确期限：且该期限未超过法定程序允许的范围，那么超过三日但仍在规定期限内的答复是有效的。
• 若法院内部无明确期限：则法院会根据案件情况、工作安排等因素，在合理时间内作出答复。这种情况下，超过三日并不必然导致答复无效。

2. 特殊程序或紧急情况

在某些特殊程序或紧急情况下，法院可能会加快处理回避申请，以确保诉讼的公正性和效率。例如，在涉及重大社会影响或当事人权益迫切需要保护的案件中，法院可能会优先处理回避申请，并尽快作出答复。

• 若存在特殊程序或紧急情况：且法院已合理加快处理速度，那么即使答复超过三日，也是出于诉讼效率和公正性的考虑，答复仍然有效。

3. 当事人权利保障

无论答复期限如何，法院都有义务保障当事人的诉讼权利。如果当事人认为法院的答复期限过长，影响了其诉讼权利，可以通过合法途径提出异议或申请复议。

• 当事人权利：当事人有权要求法院尽快处理回避申请，并在合理期限内得到答复。如果法院未能在合理期限内答复，当事人可以向上级法院或相关部门反映情况，寻求救济。

4. 实际操作建议

• 了解法院规定：在提交回避申请前，建议当事人了解法院的相关规定和程序，以便更好地维护自己的权益。
• 及时沟通：如果当事人对答复期限有疑问或担忧，可以及时与法院沟通，了解处理进度和预计答复时间。
• 保留证据：在提交回避申请和等待答复的过程中，当事人应保留好相关证据和材料，以备不时之需。