工伤九级伤残但仅休息三个月的赔偿计算，需结合停工留薪期、伤残补助、医疗补助等多个维度综合判断，具体结论如下：

1. 停工留薪期工资：按实际休息时间计算

• 核心规则：根据《工伤保险条例》第33条，停工留薪期一般不超过12个月，具体期限由劳动能力鉴定委员会确认。若医生开具的病假证明为3个月，则单位需按原工资福利按月支付这3个月的工资。
• 例外情况：若实际伤情需要更长时间休息（如后续治疗），但单位仅认可3个月，需通过劳动能力鉴定委员会延长停工留薪期，否则单位可能停发工资。

2. 一次性伤残补助金：固定标准，与休息时间无关

• 计算方式：九级伤残为9个月本人工资（本人工资指工伤前12个月平均工资，含奖金、津贴等，但不超过统筹地区职工平均工资300%）。
• 关键点：无论实际休息多久，只要被鉴定为九级伤残，即可主张这笔补助，由工伤保险基金支付。

3. 一次性工伤医疗补助金和伤残就业补助金：离职时主张

• 触发条件：若与单位解除或终止劳动关系，可主张这两项补助（具体名称和标准因地区而异，如广东称为“一次性医疗补助金”和“一次性就业补助金”）。
• 计算示例（以广东为例）：
  • 一次性医疗补助金：2个月本人工资；
  • 一次性就业补助金：8个月本人工资。
• 注意：若未离职，则暂不涉及这两项补助。

4. 医疗费、护理费等：按实际支出报销

• 范围：包括工伤治疗期间的医疗费、住院伙食补助费、交通费、护理费（若需护理）等，需提供发票等凭证，由工伤保险基金或单位支付。
• 限制：仅限工伤直接导致的费用，非工伤疾病或过度治疗可能不被认可。

5. 争议处理建议

• 步骤1：核对单位是否已申请工伤认定和劳动能力鉴定（九级伤残需以鉴定结论为准）；
• 步骤2：若单位未支付停工留薪期工资或伤残补助，可向劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁；
• 步骤3：若对停工留薪期期限有争议，可申请劳动能力鉴定委员会重新确认。

总结：工伤九级伤残的赔偿与休息时间无直接关联，核心是依据伤残等级和实际费用主张权利。若单位未依法赔偿，建议收集工资条、病假证明、鉴定结论等证据，通过法律途径维权。如有细节疑问，可进一步向我咨询。