关于补充协议只有电子版没有原件是否有效的问题，结论是：电子版补充协议在符合法定条件时是有效的，但具体效力需结合实际情况判断。以下从不同角度详细分析：

1. 电子合同的法律效力基础

根据《中华人民共和国民法典》第四百六十九条，当事人订立合同可以采用书面形式、口头形式或其他形式。以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。因此，电子版补充协议本身具有法律效力，无需必须存在纸质原件。

2. 电子合同生效的核心条件

电子合同生效需满足以下条件：

• 真实意思表示：双方通过电子方式签署协议时，需确保是真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形。
• 身份可验证：签署方需通过可靠方式（如电子签名、短信验证、人脸识别等）确认身份，避免冒名签署。
• 内容完整性：电子协议内容需完整，未被篡改或删除关键条款。
• 可随时调取查用：协议需以可存储、可复制的方式保存，确保随时能调取查验。

若电子版补充协议满足上述条件，即使没有纸质原件，仍具有法律效力。

3. 实践中可能影响效力的因素

• 对方否认签署：若一方否认签署电子协议，需通过技术手段（如电子签名认证报告）或第三方证据（如聊天记录、邮件往来）证明签署真实性。
• 协议内容争议：若协议内容存在歧义或关键条款缺失，可能因“未达成合意”被认定无效。
• 特殊行业要求：部分行业（如金融、房地产）可能要求合同必须采用纸质形式或履行特定备案程序，此时电子协议可能无效。

4. 建议措施

为确保电子版补充协议的效力，可采取以下措施：

• 使用可靠电子签名：通过第三方电子合同平台（如法大大、e签宝）签署，确保签名符合《电子签名法》要求。
• 保存完整证据链：保留签署过程记录（如短信通知、邮件确认）、协议原文及后续履行证据（如付款记录、交货凭证）。
• 提前约定形式：在主合同中明确补充协议可采用电子形式，避免后续争议。

5. 若协议无效的后果

若电子版补充协议被认定无效，双方需按原合同履行义务；若原合同也无约定，可能需根据《民法典》第五百一十条协商补充，或按交易习惯、行业惯例处理。

总结：电子版补充协议的效力取决于是否符合法定条件及实践中的可验证性。若您遇到具体争议，建议提供协议内容、签署方式等细节，我可以进一步分析风险点并提供解决方案。