核心结论：超出3公里跑腿费由顾客自付的情况，可通过明确约定、合理定价、提前告知、合同条款保障及争议解决机制等方式来妥善处理。以下是具体分析：

1. 明确约定与合理定价

   • 在提供跑腿服务前，应与顾客明确约定服务范围、费用标准及超出范围后的费用承担方式。对于超出3公里的部分，可以设定一个合理的额外费用标准，如每公里增加一定金额，或者设定一个固定的超出费用。
   • 定价时应考虑市场行情、服务成本、顾客接受度等因素，确保价格既公平又合理，避免过高或过低导致纠纷。

2. 提前告知与确认

   • 在接受顾客订单时，应提前告知顾客超出3公里将产生额外费用，并确认顾客是否接受这一条件。可以通过短信、电话、APP推送等方式进行告知，并保留好告知记录，以备不时之需。
   • 如果顾客在得知额外费用后选择取消订单，应尊重顾客的选择，并按照相关规定处理订单取消事宜。

3. 合同条款保障

   • 如果跑腿服务是通过线上平台进行的，平台应在用户注册或下单时提供明确的合同条款，其中应包括超出服务范围后的费用承担方式。
   • 合同条款应清晰、明确，避免使用模糊或歧义的语言，以确保双方对费用承担方式有共同的理解。

4. 争议解决机制

   • 在发生因超出3公里跑腿费产生的纠纷时，应首先尝试通过协商的方式解决。可以与顾客沟通，解释费用产生的原因和合理性，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 如果协商无果，可以考虑通过第三方调解、仲裁或诉讼等方式解决纠纷。在选择争议解决方式时，应考虑成本、效率、公正性等因素。

5. 合规性与消费者权益保护

   • 在处理超出3公里跑腿费的问题时，应确保所有操作都符合相关法律法规的规定，如《消费者权益保护法》、《合同法》等。
   • 应尊重消费者的知情权、选择权、公平交易权等合法权益，避免通过不正当手段强制消费者承担额外费用。