在两个以上都有管辖权的情况下，通常由最先立案的机关或法院管辖。若存在管辖争议，则通过协商、报请共同上一级机关指定管辖或直接由共同上一级机关指定管辖的方式来解决。以下是对这一问题的详细分析：

一、最先立案原则

1. 行政机关：根据《中华人民共和国行政处罚法》第二十五条的规定，两个以上行政机关都有管辖权的，由最先立案的行政机关管辖。这一原则确保了当多个行政机关对同一事项均有管辖权时，由首先启动立案程序的行政机关负责处理，从而有效防止了执法资源的浪费和执法冲突的发生。

2. 人民法院：在民事诉讼中，根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十一条的规定，两个以上人民法院都有管辖权的案件，原告可以选择其中一个人民法院提起诉讼。若原告向两个以上有管辖权的人民法院提起诉讼，则由最先立案的人民法院管辖。这一原则同样体现了立案优先的原则，确保了诉讼的效率和公正性。

二、协商解决机制

1. 行政机关：若各行政机关对管辖权存在争议，或无法确定哪个机关是最先立案的，应通过协商的方式来解决。协商过程中，各相关行政机关应秉持公平、合理的原则，就管辖事项进行充分沟通与讨论，力求达成共识，以确保行政执法的统一性和协调性。

2. 人民法院：虽然《中华人民共和国行政诉讼法》未直接规定人民法院之间的协商解决机制，但在实际操作中，若两个以上人民法院对管辖权存在争议，也可以通过协商的方式来解决，以避免诉讼的延误和资源的浪费。不过，更常见的是通过报请共同上一级人民法院指定管辖的方式来解决。

三、指定管辖制度

1. 行政机关：

   • 协商不成时的指定：若经过协商，各行政机关仍无法就管辖权达成一致意见，或者因情况紧急无法及时协商，应报请共同的上一级行政机关来指定管辖。上一级行政机关在接到报告后，需根据实际情况和相关法律规定，迅速作出指定管辖的决定，以保障行政执法的及时进行。
   • 直接指定管辖：上一级行政机关在必要时，也可以直接指定某个行政机关对争议事项进行管辖，以进一步简化程序，提高执法效率。这种直接指定的方式特别适用于情况复杂、急需处理的案件，能够迅速明确管辖责任，确保执法活动的顺利进行。

2. 人民法院：

   • 报请指定管辖：根据《中华人民共和国行政诉讼法》第二十三条的规定，有管辖权的人民法院由于特殊原因不能行使管辖权的，由上级人民法院指定管辖。人民法院对管辖权发生争议，由争议双方协商解决。协商不成的，报它们的共同上级人民法院指定管辖。
   • 指定管辖的效力：被指定的人民法院必须服从并执行上级人民法院的指定管辖决定，确保诉讼的顺利进行。

四、实际应用中的注意事项

1. 优先管辖权：无论是行政机关还是人民法院，最先立案的机关或法院享有优先管辖权，且不能自行将案件移送给其他有管辖权的机关或法院。这一规定强调了立案时间的先后顺序在确定管辖权中的重要性。

2. 合理期限：虽然法律未对协商的期限作出具体规定，但行政机关或人民法院应在合理的时间内完成协商过程，以确保违法行为的及时查处或诉讼的顺利进行。若相关法律、法规或规章有明确规定，则应严格按照相关规定执行。

3. 避免推诿扯皮：在存在多个管辖权的情况下，各机关或法院应积极履行职责，避免推诿扯皮现象的发生。通过明确管辖原则、建立协商机制和指定管辖制度等措施，确保管辖权的明确性和诉讼的效率性。

总结来说，在两个以上都有管辖权的情况下，应遵循最先立案原则确定管辖权。若存在管辖争议，则通过协商、报请共同上一级机关指定管辖或直接由共同上一级机关指定管辖的方式来解决。这些原则和机制的实施有助于确保执法的效率、公正性和统一性。如果您在具体案件中遇到管辖权问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。