结论：工厂保留了开票合同，合同本身的有效性并不直接受此影响，但合同的具体条款、签订过程及双方行为等因素会综合决定其法律效力。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同有效性的基本原则：

   • 合同的有效性主要取决于其是否满足法律规定的要件，包括双方具有相应的民事行为能力、意思表示真实、合同内容不违反法律或行政法规的强制性规定，以及不违背公序良俗等。
   • 工厂保留开票合同这一行为，并不直接决定合同的有效性。合同的有效性是在签订时就已经确定的，而保留合同只是双方对合同文本的一种处理方式。

2. 保留合同对合同效力的影响：

   • 保留合同本身并不改变合同的法律效力。无论合同由哪一方保留，只要合同本身符合法律规定的要件，就具有法律效力。
   • 然而，如果保留合同的一方在保留过程中对合同进行了篡改或伪造，那么这将直接影响合同的法律效力。在这种情况下，被篡改或伪造的合同可能被视为无效或可撤销。

3. 开票合同的具体考量：

   • 开票合同通常涉及发票的开具、税款的缴纳等财务和税务问题。因此，在判断开票合同的有效性时，还需要考虑相关财务和税务法律法规的规定。
   • 如果开票合同的内容违反了相关财务和税务法律法规的规定，那么该合同可能被视为无效或部分无效。例如，如果合同中约定的税率低于法定税率，或者合同中涉及虚开发票等违法行为，那么该合同将不具有法律效力。

4. 实际建议：

   • 对于工厂而言，保留开票合同是合理的做法，但应确保合同的完整性和真实性，避免对合同进行篡改或伪造。
   • 如果对合同的有效性存在疑问，或者合同内容涉及复杂的财务和税务问题，建议咨询专业的法律或税务顾问，以确保合同的合法性和有效性。

如有任何关于合同法律效力的疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，提供详细、准确的法律解答。