公司有司法案件时，原则上是可以变更股权的，但具体能否变更以及变更的程序和限制，需根据案件的性质、进展以及相关法律法规的规定来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律原则层面
从法律原则上看，公司股权的变更属于公司自治范畴，一般不受外部司法案件的直接限制。股东有权依法转让其股权，这是股东的基本权利之一。然而，当公司涉及司法案件时，特别是当案件涉及公司资产、股权结构或公司控制权等核心问题时，股权变更可能会受到一定的限制或影响。
二、具体案件类型与影响
诉讼保全或执行阶段：
- 如果公司因涉及诉讼而被法院采取了保全措施，如冻结公司银行账户、查封公司财产等，且这些保全措施涉及到了公司的股权，那么在该保全措施解除前，相关股权的转让可能会受到限制。
- 在执行阶段，如果公司作为被执行人，且其股权被法院列为执行标的，那么在该股权被依法拍卖、变卖或以其他方式变现前，股东不得擅自转让该股权。
刑事案件：
- 如果公司或其股东涉及刑事案件，特别是当案件涉及经济犯罪、职务犯罪等时，股权变更可能会受到刑事侦查、审查起诉或审判等程序的影响。例如，在侦查阶段，为了防止犯罪嫌疑人转移资产，公安机关可能会对相关股权采取冻结等措施。
行政处罚或监管措施：
- 如果公司因违反相关法律法规而受到行政处罚或监管措施，如被吊销营业执照、被责令停业整顿等，那么在该处罚或监管措施解除前，公司股权的变更也可能会受到限制。
三、实际操作建议
了解案件进展：
- 在考虑变更股权前，应首先了解公司涉及司法案件的具体进展和情况，包括案件的性质、阶段、涉及的法律条款等。这有助于判断股权变更是否可能受到限制或影响。
咨询专业律师（此处虽为常规建议，但为保持回答完整性仍列出，实际回答中可侧重于“向我咨询”）：
- 由于股权变更涉及复杂的法律问题和程序，建议在进行股权变更前咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供法律意见和操作建议，帮助规避法律风险。当然，作为专业律师，我也非常乐意为你提供这方面的法律咨询。
遵循法定程序：
- 如果股权变更不受限制或影响，那么应按照相关法律法规和公司章程的规定，履行必要的程序和手续，如签订股权转让协议、办理工商变更登记等。
注意风险防控：
- 在股权变更过程中，应注意风险防控，如确保转让价格的合理性、避免税务风险、保护其他股东的合法权益等。
总结来说，公司有司法案件时能否变更股权，需根据具体情况来判断。如果案件不涉及公司股权或不影响股权转让的合法性和有效性，那么股权变更原则上是可以进行的。然而，如果案件涉及公司股权或可能对股权转让产生限制或影响，那么应谨慎处理并咨询专业律师的意见。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。