针对您提出的“合作单位不签安全管理协议怎么处理”的问题，这确实是一个涉及安全生产管理的重要环节，需要严肃对待。以下是我为您提供的详细解答：
首先，根据《中华人民共和国安全生产法》的相关规定，当两个以上生产经营单位在同一作业区域内进行生产经营活动，且可能危及对方生产安全时，必须签订安全生产管理协议。这一协议旨在明确各自的安全生产管理职责和应当采取的安全措施，并指定专职安全生产管理人员进行安全检查与协调。这是法律对生产经营单位的基本要求，也是保障作业安全的重要措施。
如果合作单位拒绝签订安全管理协议，您可以采取以下步骤进行处理：
沟通协商：
- 尝试与对方进行友好沟通，解释签订安全管理协议的重要性和必要性。
- 强调不签订协议可能带来的法律风险和安全隐患，以及可能对双方造成的损失。
书面通知：
- 如果沟通无果，可以向对方发送书面通知，明确要求签订安全管理协议，并设定合理的期限。
- 书面通知应详细阐述法律依据、协议内容要求以及不签订的后果。
报告相关部门：
- 如果对方在规定期限内仍未签订安全管理协议，您可以向当地的安全生产监督管理部门或相关乡镇人民政府报告。
- 提供详细的证据和情况说明，请求相关部门介入调查并依法处理。
法律途径：
- 在极端情况下，如果对方的行为严重违反了法律法规，且对您的生产经营活动构成了重大威胁，您可以考虑通过法律途径解决。
- 咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的法律后果，然后决定是否提起诉讼。
参考典型案例：
- 您可以参考一些典型的案例，如通州区应急管理局对未签订安全管理协议的物流公司的处罚案例。
- 这些案例通常包含了详细的违法事实、处罚依据和处罚结果，可以为您提供有益的参考和警示。
加强自身管理：
- 在等待对方回应或相关部门处理的同时，您应加强自身的安全生产管理，确保作业安全。
- 定期对作业区域进行安全检查，及时发现并消除安全隐患。
最后，我想强调的是，签订安全管理协议是保障作业安全的重要措施，也是法律对生产经营单位的基本要求。如果合作单位拒绝签订，您应坚决维护自己的合法权益，并采取必要的措施确保作业安全。同时，也希望您能够加强与对方的沟通协商，共同推动安全管理协议的签订和实施。