总公司留置分公司工程款是否合理，需根据具体情况及法律关系来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
一、法律关系角度
分公司与总公司的法律关系：
- 分公司是总公司的分支机构，不具有独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。
- 分公司虽然可以独立开展业务，但在财务上通常与总公司保持一定的关联性，甚至可能由总公司统一管理。
留置权的法律定义：
- 留置权是指债权人按照合同约定占有债务人的动产，债务人不按照合同约定的期限履行债务的，债权人有权依照法律规定留置财产，以该财产折价或者以拍卖、变卖该财产的价款优先受偿。
- 在建设工程领域，留置权通常与工程款的支付、工程质量的保证等紧密相关。
总公司留置分公司工程款的合法性：
- 如果总公司与分公司之间存在明确的合同关系，且合同中约定了总公司有权在特定条件下留置分公司的工程款（如分公司未按时支付供应商款项导致总公司承担连带责任时），则总公司的留置行为可能具有合法性。
- 然而，如果总公司与分公司之间没有明确的合同约定，或者留置行为超出了合同约定的范围，那么总公司的留置行为可能构成违法或不当得利。
二、实际操作角度
内部管理规定：
- 总公司可能出于内部管理、风险控制等考虑，制定相关规定允许在特定情况下留置分公司的工程款。
- 但这些规定必须合法合规，且不得损害分公司的合法权益。
工程款支付流程：
- 在建设工程中，工程款的支付通常遵循一定的流程和规定。
- 如果总公司留置工程款的行为违反了这些流程和规定，那么可能构成不当行为。
三、法律建议
审查合同条款：
- 总公司和分公司应仔细审查彼此之间的合同条款，特别是关于工程款支付、留置权行使等方面的约定。
- 确保合同条款明确、合法，并符合双方的利益。
加强沟通协商：
- 在出现工程款支付或留置问题时，总公司和分公司应加强沟通协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 避免因为沟通不畅或误解而导致不必要的法律纠纷。
寻求法律帮助：
- 如果总公司和分公司无法就工程款支付或留置问题达成一致意见，可以寻求专业的法律帮助。
- 律师可以根据具体情况提供法律意见和建议，帮助双方解决纠纷。
总结来说，总公司留置分公司工程款是否合理，取决于具体的法律关系、合同条款以及实际操作情况。在处理此类问题时，建议总公司和分公司加强沟通协商，并寻求专业的法律帮助以确保双方的权益得到保障。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。