结论：公司注册未备案只有协议，是否算合作经营，需根据协议的具体内容、双方的实际行为以及相关法律法规来综合判断。以下从多个角度进行分析：

1. 协议内容与性质：

   • 合作经营协议：如果双方签订的协议明确约定了合作经营的相关条款，如出资方式、利润分配、亏损承担、管理权限等，且双方按照协议实际履行了相关义务，那么即使公司未进行注册备案，该协议仍可能被视为合作经营的有效约定。
   • 其他类型协议：如果协议内容并未涉及合作经营的核心要素，而是更偏向于其他类型的法律关系，如借款、买卖、租赁等，那么该协议可能不被视为合作经营协议。

2. 实际行为与履行情况：

   • 实际履行合作义务：如果双方按照协议约定，实际履行了出资、共同经营、共享收益、共担风险等合作经营义务，那么即使公司未注册备案，也不影响合作经营关系的成立。
   • 未履行或部分履行：如果双方未按照协议约定履行相关义务，或者仅部分履行，那么合作经营关系可能因此受到影响，甚至可能被视为未成立。

3. 法律法规与注册备案要求：

   • 公司注册备案要求：根据《公司法》等相关法律法规，公司设立需要进行注册登记，并领取营业执照。未进行注册备案的公司，其法律地位可能受到质疑，但这并不直接决定合作经营关系的成立与否。
   • 合作经营关系的法律认定：合作经营关系的成立，主要依据双方签订的协议以及实际履行情况，而非公司是否注册备案。然而，公司未注册备案可能影响合作经营关系的合法性和稳定性，增加法律风险。

4. 法律后果与风险：

   • 合法性风险：公司未注册备案而进行合作经营，可能面临被工商行政管理部门查处、罚款等法律风险。
   • 权益保护风险：未注册备案的公司，其股东或合作方的权益可能难以得到法律的有效保护。在发生纠纷时，可能因公司法律地位不明确而难以维权。

建议：

• 完善注册备案手续：为了降低法律风险，保障合作经营关系的合法性和稳定性，建议尽快完成公司注册备案手续，领取营业执照。
• 明确协议内容：在签订合作经营协议时，应明确约定双方的权利义务、出资方式、利润分配、亏损承担等核心条款，以确保协议的有效性和可执行性。
• 咨询专业律师：如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。