针对工程档案有误且建设单位不配合的问题，你可以采取以下措施来维护自身权益：
明确档案错误的性质与责任：
- 首先，需要详细审查工程档案，明确错误的具体内容、性质以及可能产生的后果。这有助于确定责任归属，是建设单位、施工单位还是其他相关方的责任。
- 如果错误是由于建设单位提供的资料不准确或变更未及时通知导致的，那么建设单位应承担相应责任。
与建设单位进行沟通协商：
- 在发现档案错误后，应及时与建设单位进行沟通，明确指出错误所在，并提出修正要求。
- 沟通时，应保持冷静、理性，以事实为依据，以法律为准绳，避免情绪化或过激的言辞。
- 如果建设单位承认错误并愿意配合修正，那么问题可能得到迅速解决。
发送正式函件或律师函：
- 如果沟通协商无果，建设单位仍然不配合修正档案错误，你可以考虑发送正式函件或律师函给建设单位。
- 函件中应详细阐述档案错误的事实、责任归属、修正要求以及可能产生的法律后果，要求建设单位在规定期限内给予答复并采取修正措施。
寻求行政调解或仲裁：
- 如果建设单位仍然拒绝配合，你可以考虑向当地建设行政主管部门或相关行业协会申请行政调解。
- 行政调解是一种非诉讼的争议解决方式，可以在双方自愿的基础上达成调解协议，解决争议。
- 如果行政调解无果，或者双方不愿意接受行政调解，你还可以考虑根据合同中的仲裁条款或事后达成的仲裁协议，向约定的仲裁机构申请仲裁。
提起诉讼：
- 如果仲裁也无法解决争议，或者双方没有约定仲裁条款，你可以向人民法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，你需要提供充分的证据证明档案错误的事实、责任归属以及因此遭受的损失。
- 法院将根据事实和法律规定作出判决，要求建设单位承担相应的法律责任。
在采取上述措施时，你需要注意以下几点：
- 保留证据：在整个过程中，要妥善保留与档案错误相关的所有证据，包括沟通记录、函件、照片、视频等。这些证据将在后续的调解、仲裁或诉讼中发挥重要作用。
- 遵守法律程序：在采取任何法律行动之前，要确保自己了解并遵守相关的法律程序和规定。例如，发送律师函前需要确保律师函的内容合法、合规；提起诉讼前需要确保符合起诉条件等。
- 考虑成本效益：在采取法律行动时，要考虑成本效益问题。如果争议金额较小或者修正档案错误的成本较高，可能需要权衡利弊后作出决策。
如果工程档案错误导致了你实际损失，你还可以在解决档案错误问题的同时，要求建设单位承担相应的赔偿责任。赔偿范围可能包括因档案错误导致的工期延误、质量不合格、返工等产生的直接和间接损失。具体赔偿金额需要根据实际情况进行计算和协商。
最后，建议你在处理此类问题时保持冷静和理性，以事实为依据，以法律为准绳。如果遇到复杂或难以解决的问题，可以直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供专业的法律建议。