结论：客车停住时司机从车顶上掉下来，保险公司是否理赔需分情况讨论，主要取决于保险类型、事故原因以及保险合同的具体条款。以下为详细分析：

1. 若涉及车上人员责任险或驾乘人员意外险：

   • 车上人员责任险：该险种主要保障车辆在使用过程中，因意外事故导致车上人员（包括司机）遭受人身伤亡时，保险公司按照合同约定进行赔偿。若司机从车顶掉下是由于客车本身的意外事故（如急刹车、碰撞等）导致，且该事故属于保险责任范围，则保险公司通常会理赔。
   • 驾乘人员意外险：此险种为车上人员提供意外伤害保障，无论事故责任归属，只要发生意外伤害，保险公司即按合同约定赔付。因此，若司机从车顶掉下构成意外伤害，且该险种在有效期内，保险公司应予以理赔。

2. 若涉及车辆损失险或第三者责任险：

   • 车辆损失险：主要保障车辆因意外事故导致的损失，不直接涉及车上人员的人身伤害赔偿。因此，司机从车顶掉下这一事实本身，通常不构成车辆损失险的理赔范围。
   • 第三者责任险：该险种保障车辆在使用过程中对第三方造成的人身伤害或财产损失。司机作为车上人员，不属于“第三方”范畴，因此第三者责任险不适用此情况。

3. 关键因素：事故原因与保险合同条款：

   • 事故原因：保险公司会调查事故的具体原因，以确定是否属于保险责任范围。若司机从车顶掉下是由于自身故意行为或违反安全规定（如未系安全带、违规攀爬等），保险公司可能拒绝理赔。
   • 保险合同条款：不同保险公司的合同条款可能存在差异，对理赔范围、免责条款等有具体规定。因此，需仔细审查保险合同，以确定保险公司是否应承担赔偿责任。

建议：若发生此类事故，建议立即报警并保留相关证据（如现场照片、医疗记录等），同时及时联系保险公司报案。在理赔过程中，积极配合保险公司的调查工作，并提供必要的证明材料。如有争议，可寻求法律援助或通过诉讼途径解决。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。