结论：两农户签订的土地承包合同，在土地确权时是否可以分开确权，这主要取决于合同的具体内容、双方当事人的意愿以及当地土地管理政策的规定。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
合同内容角度：
- 如果土地承包合同中明确约定了土地可以分割确权，或者合同中有关于土地分割、转让、继承等条款，且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方可以依据合同约定进行分开确权。
- 如果合同中没有明确约定土地可以分割确权，或者约定不明确，那么双方需要协商一致，并可能需要签订补充协议来明确分割确权的具体事宜。
双方当事人意愿角度：
- 土地确权涉及双方当事人的重大利益，因此必须尊重双方当事人的意愿。如果双方都同意分开确权，并且能够就分割方案达成一致，那么可以向相关部门申请分开确权。
- 如果一方不同意分开确权，或者双方无法就分割方案达成一致，那么可能需要通过法律途径解决争议，如提起诉讼或申请仲裁。
当地土地管理政策角度：
- 不同地区的土地管理政策可能有所不同，有些地区可能允许土地分割确权，而有些地区则可能限制或禁止土地分割。因此，在申请分开确权前，需要了解当地土地管理政策的具体规定。
- 如果当地政策允许土地分割确权，并且双方符合政策规定的条件，那么可以向相关部门提交申请材料，按照政策规定的程序进行确权。
法律建议：
- 在申请分开确权前，建议双方先仔细审查土地承包合同的内容，明确合同中关于土地分割、转让、继承等条款的约定。
- 如果合同中没有明确约定或约定不明确，建议双方协商一致，并签订补充协议来明确分割确权的具体事宜。
- 在申请分开确权时，需要准备相关的申请材料，如土地承包合同、身份证明、土地权属证明等，并按照当地土地管理政策规定的程序进行申请。
- 如果双方无法就分割方案达成一致，或者遇到其他法律问题，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。
可能法律后果：
- 如果双方能够依据合同约定或协商一致进行分开确权，并且符合当地土地管理政策的规定，那么可以顺利完成确权手续，获得相应的土地权属证书。
- 如果双方无法就分割方案达成一致，或者申请分开确权不符合当地政策规定，那么可能无法完成确权手续，甚至可能面临法律纠纷和损失。因此，在申请分开确权前，务必充分了解相关法律法规和政策规定，谨慎决策。
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