针对您提出的“土地承包确权证两个儿子两个户口是否可以分开确权”的问题，以下是我的详细解答：
首先，我们需要明确的是，农村土地的承包主体是农户，这是由《农村土地承包法》等相关法律法规所规定的。当农户家庭成员因婚姻、分家等原因造成家庭人员变化，一个家庭承包户可能会分成好几个单独生活的家庭，比如子女长大成家后与父母分户，成为一个单独的农户。在这种情况下，就涉及对原有承包地的分割问题。
对于您所描述的情况，即两个儿子已经分户，是否可以分开确权，关键在于以下几点：
分户事实：需要确认两个儿子是否已经正式分户，并且这一分户事实在当地户籍管理部门有明确的记录。这是进行土地承包确权分割的前提。
承包地分割情况：在分户之前，如果家庭内部已经对承包地进行了分割，并且这一分割事实得到了家庭成员的认可，没有争议，那么在进行土地承包确权时，可以按照分割后的实际情况进行确权。
确权登记颁证：根据相关规定，如果分户和承包地分割的事实认定清楚，不存在争议，那么在进行土地承包确权登记颁证时，可以分别对两个儿子（即两个新的农户）进行确权登记，颁发各自独立的土地承包确权证。
然而，也需要注意以下几点：
法律法规的遵循：在进行土地承包确权分割和登记颁证时，必须严格遵循《农村土地承包法》等相关法律法规的规定，确保程序的合法性和合规性。
地方政策的差异：不同地区可能对于土地承包确权分割和登记颁证有具体的实施细则或政策差异，因此在实际操作中，还需要结合当地的具体政策进行。
家庭成员的协商：在进行土地承包确权分割时，最好能够家庭成员之间进行充分的协商和沟通，确保分割方案的公平性和合理性，避免后续产生纠纷。
综上所述，如果两个儿子已经正式分户，并且家庭内部已经对承包地进行了分割且没有争议，那么在进行土地承包确权时，是可以分别进行确权登记颁证的。但具体操作还需结合当地政策和实际情况进行。如有需要，建议咨询当地土地管理部门或农业部门以获取更准确的指导。