针对您提出的问题，即“我和我母亲的户口在一起但是九九年前土地承包合同是分开的确权能不确在一起吗”，我们可以从以下几个方面进行详细解答：

首先，我们需要明确的是，农村土地承包经营权的主体是农户，而不是个人。这意味着，尽管土地承包合同上可能只签了某个家庭成员的名字，但承包的主体实际上是整个农户家庭。在您的情况下，虽然您和您母亲的户口在一起，但九九年前签订的土地承包合同是分开的，这反映了当时可能是以不同的家庭单位或个人名义进行的承包。

接下来，关于土地确权的问题，它主要是确认土地承包经营权的归属。在确权过程中，通常会考虑土地承包合同、农户家庭成员情况、土地实际使用情况等多种因素。对于您提出的是否能将确权确在一起的问题，这主要取决于几个关键因素：

1. 承包合同的约定：如果九九年前的承包合同中明确规定了土地的承包经营权归属，并且这些约定与当前的法律法规不冲突，那么确权时通常会遵循这些约定。如果合同是分开的，且没有明确的合并条款，那么确权时可能会保持这种分开状态。

2. 农户家庭成员的意愿：在确权过程中，农户家庭成员的意愿也是一个重要的考虑因素。如果您和您母亲都希望将土地确权在一起，并且这种合并不会违反相关法律法规和承包合同的约定，那么您可以向相关部门提出申请，说明情况并表达合并的意愿。

3. 相关法律法规的规定：根据《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规，土地承包经营权在承包期内具有一定的稳定性和连续性。如果合并确权不会损害其他农户或集体经济组织的利益，并且符合法律法规的规定，那么这种合并是有可能实现的。

然而，也需要注意到，由于历史原因和实际情况的复杂性，土地确权工作可能会面临一些挑战和困难。如果九九年前的承包合同存在不明确或争议的地方，或者合并确权会涉及到其他农户或集体经济组织的利益调整，那么确权工作可能会更加复杂和耗时。

综合建议：

• 查阅承包合同：首先，建议您和您母亲一起查阅九九年前的土地承包合同，了解合同中的具体约定和条款。
• 咨询当地部门：其次，您可以向当地的农村土地管理部门或农业部门咨询，了解土地确权的具体政策和流程，以及合并确权的可行性和条件。
• 表达合并意愿：如果合并确权是可行的，并且符合您和您母亲的意愿，那么您可以向相关部门提出申请，并按照要求提供必要的证明材料和说明情况。

总之，土地确权工作需要综合考虑多种因素，包括承包合同的约定、农户家庭成员的意愿以及相关法律法规的规定等。希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时咨询。