在劳动仲裁申请中，如果工资是由项目部代发，被申请人一般应写分包单位，但具体需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：

从法律关系角度

在劳动法律关系中，劳动者与用人单位建立劳动关系，用人单位承担支付工资、缴纳社保等义务。通常情况下，分包单位作为与劳动者建立劳动关系的主体，是劳动仲裁中的适格被申请人。即使工资由项目部代发，这可能只是分包单位内部的一种资金安排或委托支付行为，并不改变劳动者与分包单位之间的劳动关系本质。例如，小张在某建筑工地工作，与分包单位签订了劳动合同，工资由项目部每月按时发放。当发生劳动纠纷时，小张申请劳动仲裁，被申请人应当是分包单位，因为小张的劳动关系是与分包单位建立的，项目部只是代为支付工资，并非实际的用人单位。

从实际支付与责任承担角度

虽然工资由项目部代发，但如果项目部是分包单位的一个部门或者分支机构，且没有独立的法人资格，那么其代发工资的行为后果应由分包单位承担。在这种情况下，劳动仲裁中仍应将分包单位列为被申请人。然而，如果项目部是独立的法人主体，且与分包单位之间存在明确的委托支付工资协议，同时劳动者也知晓并认可这种支付方式，那么在劳动仲裁时，可能需要根据具体情况来确定被申请人。如果劳动纠纷主要涉及工资支付问题，且项目部有能力承担支付责任，也可以考虑将项目部和分包单位列为共同被申请人。比如，某工程项目中，项目部是具有独立法人资格的子公司，与分包单位签订了委托支付工资协议，小李在该项目工作，工资由项目部支付。当小李因工资问题申请劳动仲裁时，如果项目部有能力且愿意承担支付责任，可以将项目部和分包单位都列为被申请人。

从证据收集与仲裁策略角度

在决定劳动仲裁被申请人时，还需要考虑证据收集的难易程度和仲裁策略。如果将分包单位列为被申请人，需要收集能够证明与分包单位存在劳动关系的证据，如劳动合同、工作证、考勤记录等。同时，也需要收集工资由项目部代发的证据，如工资发放记录、银行流水等，以证明分包单位未履行支付工资的义务。如果将项目部和分包单位都列为被申请人，需要分别收集与两者相关的证据，这可能会增加证据收集的难度和工作量。因此，在选择被申请人时，需要综合考虑证据的充分性和可获得性，以及仲裁策略的合理性。例如，如果与分包单位签订了劳动合同，且有明确的工资支付约定，而项目部只是按照分包单位的指示代发工资，那么将分包单位列为被申请人可能更为合适，因为证据主要集中在与分包单位的关系上，这样可以使仲裁申请更加明确和有针对性。

给你的建议：在申请劳动仲裁前，建议你先收集好与劳动关系和工资支付相关的证据，如劳动合同、工资发放记录、工作证等。然后，根据上述分析，结合实际情况确定被申请人。如果对被申请人的确定存在疑问，可以向我进一步咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。