申请撤销监护人资格案件确实属于特别程序。这一结论可以从以下两个方面进行详细阐述：

一、法律依据与程序特性

申请撤销监护人资格案件，其法律依据主要来源于《关于依法处理监护人侵害未成年人权益行为若干问题的意见》以及《中华人民共和国民法典》等相关法律法规。这些规定明确指出了在特定情形下，如监护人侵害未成年人权益、拒不履行监护职责等，人民法院可以判决撤销其监护人资格。而此类案件的审理，并不遵循普通民事诉讼程序中的一审、二审等常规流程，而是采用特别程序进行审理。特别程序通常具有一审终审、审理期限较短、注重事实查明与权益保护等特点，这与申请撤销监护人资格案件的特殊性和紧迫性相契合。

二、实际案例佐证

从实际案例来看，如江苏省徐州市铜山区人民法院审理由民政部门提起的申请撤销法定监护人监护权案件，以及海南省定安县人民法院审结的撤销监护人资格案，均明确适用了民事诉讼特别程序。在这些案件中，法院均按照特别程序的要求，进行了走访调查、征求意见、确保案件事实清楚等程序性工作，并最终作出了撤销监护人资格、指定新监护人的判决。这些判决均为一审终审，立即生效，充分体现了特别程序在申请撤销监护人资格案件中的适用。

总结：申请撤销监护人资格案件因其特殊性和紧迫性，需要采用特别程序进行审理。这一程序不仅符合相关法律法规的规定，也在实际案例中得到了广泛应用和验证。因此，可以明确地说，申请撤销监护人资格案件是特别程序。