结论：农民土地征收补偿款村上代领是否合法不能一概而论，需分情况讨论。

1. 若农民明确授权村上代领 在农民自愿且明确授权村上的情况下，村上代领土地征收补偿款是合法的。这种授权应当以书面形式进行，明确代领的具体事项、金额、代领后的处理方式等关键内容。书面授权可以避免后续可能出现的纠纷，保障农民的合法权益。例如，农民因身体原因无法亲自领取，或者因外出打工等合理原因不能及时领取，通过书面授权村上代领，村上在获得合法授权后进行代领行为是符合法律规定的。
2. 若未经农民授权村上擅自代领 这种情况下村上代领行为一般是不合法的。土地征收补偿款是对被征收土地农民的直接补偿，其所有权归农民个人所有。根据《中华人民共和国民法典》等相关法律规定，公民的合法财产受法律保护，任何组织或者个人不得侵占、哄抢、破坏。村上未经农民同意擅自代领，侵犯了农民对补偿款的财产权，农民有权要求村上返还补偿款，并可以通过法律途径维护自己的合法权益，如向当地乡镇政府反映情况，或者向人民法院提起诉讼。
3. 存在特殊约定或当地政策规定 在某些特殊情况下，可能存在当地政策规定或者村民大会等合法程序形成的约定，允许村上在一定条件下代领土地征收补偿款。但这种约定或规定必须符合法律法规的要求，不能损害农民的基本权益。例如，当地为了推进某项公益事业，在充分征求农民意见并获得大多数农民同意的情况下，通过合法程序制定政策，规定村上可以代领补偿款用于特定项目，且对补偿款的使用有严格的监督和管理机制，这种情况下村上代领可能是合法的。不过，即使存在这样的特殊情况，农民也有权了解补偿款的具体使用情况和去向，村上应当进行公开透明的公示。