物流分公司按照总公司收费是否违法，不能一概而论，需要分情况讨论：
若分公司有独立法人资格或财务独立核算：
- 在这种情况下，分公司通常具有相对独立的经营权和财务权。如果总公司未经分公司同意，擅自要求分公司按照其制定的标准收费，这可能构成对分公司经营自主权的干涉，甚至可能涉及不正当竞争或垄断行为（如果总公司的行为限制了市场竞争）。然而，是否违法还需具体分析总公司的行为是否违反了相关法律法规，如《反不正当竞争法》、《反垄断法》等，以及是否损害了分公司或客户的合法权益。
- 法律建议：如果分公司认为总公司的收费要求不合理或违法，可以首先与总公司进行协商，寻求解决方案。如果协商无果，分公司可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如向相关部门投诉或提起诉讼。
若分公司无独立法人资格或财务不独立核算：
- 在这种情况下，分公司通常被视为总公司的延伸或组成部分，其经营行为往往受到总公司的直接控制。如果总公司要求分公司按照其制定的标准收费，且这一要求不违反法律法规和双方之间的合同约定，那么这种行为通常是合法的。
- 但需注意：即使分公司无独立法人资格，总公司也不能滥用其控制权，损害分公司或客户的合法权益。例如，总公司不能通过不合理的高价收费来剥削分公司或客户，也不能利用其市场地位进行不正当竞争或垄断行为。
- 法律建议：对于无独立法人资格的分公司，应密切关注总公司的收费要求是否合理合法，并确保自己的经营行为符合相关法律法规和合同约定。如果发现总公司的行为存在违法或不合理之处，应及时向总公司提出异议，并寻求解决方案。
特殊情况：合同约定或行业惯例：
- 如果分公司与总公司之间有明确的合同约定，或者行业内存在普遍的收费惯例，那么分公司按照总公司收费可能是基于合同约定或行业惯例的合法行为。
- 法律建议：在这种情况下，分公司应仔细审查合同条款和行业惯例，确保自己的收费行为符合约定和惯例。如果合同或惯例中存在不明确或不合理之处，应及时与总公司或行业协会进行沟通，寻求解决方案。
总结与进一步思考：
- 物流分公司按照总公司收费是否违法，取决于分公司的法律地位、总公司的行为是否合法合理以及是否存在合同约定或行业惯例等因素。
- 在处理此类问题时，分公司应首先了解自己的法律地位和权利义务，然后仔细审查总公司的收费要求是否合法合理，并考虑是否存在合同约定或行业惯例等特殊情况。
- 如果分公司对总公司的收费要求存在疑问或异议，应及时与总公司进行沟通协商，寻求解决方案。如果协商无果，可以考虑通过法律途径维护自己的权益。
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