总公司将货物卖给分公司本身并不违法，但需满足一定条件并履行相应手续，否则可能涉及税务、财务合规等问题。以下是具体分析和处理建议：

1. 合法性前提：符合内部交易规则与外部监管要求
   总公司与分公司之间的货物买卖属于企业集团内部交易，法律上并不禁止，但需满足以下条件：

   • 价格公允性：交易价格应符合市场公允价值（如独立交易原则），避免通过转移利润规避税收（如总公司低价卖给分公司以减少总公司利润、增加分公司亏损）。
     
   • 合同与手续完备：需签订书面买卖合同，明确货物名称、数量、价格、交付方式等条款，并保留发票、物流单据等凭证。
     
   • 税务合规：
     
     • 增值税：若分公司为独立核算的增值税纳税人，总公司需按销售货物缴纳增值税，分公司可抵扣进项税；若分公司为非独立核算，增值税通常由总公司统一申报。
       
     • 企业所得税：需按独立交易原则确认收入与成本，避免被税务机关调整利润（如要求补缴税款或罚款）。
       

2. 违法风险与处理方式

   • 风险1：税务违法
     若交易价格明显偏低且无正当理由（如低于成本价销售），税务机关可能核定征收增值税或企业所得税，并处以罚款。
     处理建议：
     
     • 调整交易价格至公允水平，或提供合理理由（如清仓处理、关联方让利等）。
       
     • 主动向税务机关备案关联交易，提交同期资料（如转让定价文档）。
       
   • 风险2：财务违规
     若分公司未独立核算，总公司可能通过内部交易虚增成本、隐瞒利润，违反《会计法》或《企业财务通则》。
     处理建议：
     
     • 明确分公司核算方式（独立或非独立），按制度进行账务处理。
       
     • 定期审计内部交易，确保财务数据真实、完整。
       
   • 风险3：合同无效或纠纷
     若未签订合同或合同条款违法（如约定“货物所有权保留但未登记”），可能引发纠纷。
     处理建议：
     
     • 签订规范合同，明确权利义务（如付款方式、违约责任）。
       
     • 对特殊货物（如需登记的动产）办理所有权转移手续。
       

3. 实务操作建议

   • 提前规划交易结构：根据分公司是否独立核算、税务登记地等因素，设计最优交易模式（如直接销售或调拨）。
     
   • 完善内部审批流程：涉及大额交易或关联交易时，需经总公司董事会或管理层决议，并留存会议纪要。
     
   • 咨询专业机构：若交易复杂（如涉及跨境、特殊行业），建议委托会计师事务所或律师事务所进行税务筹划与合规审查。
     

总结：总公司卖货物给分公司需确保价格公允、手续完备、税务合规，避免被认定为利益输送或逃避监管。如有具体交易场景或疑问，可进一步向我咨询，我会结合细节提供针对性方案。