在行政诉讼中，如果发现行政诉讼与民事诉讼存在交集，法院通常会根据具体情况采取以下处理方式，核心原则是避免裁判冲突、保障司法效率，并优先通过协调或中止程序解决关联问题。具体分情况说明如下：

1. 行政诉讼与民事诉讼的“先决关系”

若民事诉讼的审理需以行政诉讼的裁判结果为依据（例如：民事纠纷中涉及行政机关作出的行政许可、行政处罚等行为的合法性认定），法院会采取“中止民事诉讼，等待行政诉讼结果”的方式处理。
法律依据：根据《民事诉讼法》第153条，本案必须以另一案的审理结果为依据，而另一案尚未审结的，中止诉讼。
典型场景：

• 民事合同纠纷中，一方主张合同无效的理由是行政机关已撤销其经营资质（行政行为），此时需先通过行政诉讼确认行政行为合法性，民事诉讼中止；
  
• 房屋所有权争议中，一方持有行政机关颁发的房产证，另一方主张登记行为违法，需先通过行政诉讼撤销登记，民事诉讼方可继续。

2. 民事诉讼与行政诉讼的“牵连关系”

若行政诉讼与民事诉讼的标的或事实存在牵连，但无需以另一案结果为依据，法院可能通过“分别审理、协调裁判”的方式处理，避免结果矛盾。
操作方式：

• 信息共享：法院可要求当事人提交另一案的诉讼材料，或依职权调取相关卷宗，确保裁判逻辑一致；
  
• 裁判衔接：若两案由不同法院审理，后受理的法院可能通过函件沟通、联合调解等方式协调结果；
  
• 合并审理（特殊情形）：若法律明确允许（如《行政诉讼法》第61条规定的“行政附带民事诉讼”），可将民事争议纳入行政诉讼一并审理，但需满足“行政行为是民事争议前提”且“当事人同意”等条件。
  典型场景：
  
• 行政处罚引发赔偿纠纷：行政机关对甲作出罚款决定，甲认为处罚违法并提起行政诉讼，同时乙因甲的违法行为受损提起民事赔偿诉讼。此时两案可分别审理，但法院会注意行政处罚合法性与赔偿责任的关联性。

3. 当事人主动申请协调或合并处理

若当事人认为两案存在密切关联，可向法院申请协调处理或合并审理，法院会结合案件复杂程度、诉讼效率等因素决定是否准许。
操作建议：

• 当事人应在立案时或诉讼过程中主动向法院说明两案关联性，提交另一案的诉讼材料；
  
• 若两案由不同法院管辖，可申请指定管辖或提级管辖，避免裁判冲突。

4. 特殊情形：刑事诉讼介入

若行政诉讼或民事诉讼中发现涉嫌犯罪（如行政机关工作人员滥用职权、民事纠纷中存在诈骗等），法院会裁定中止诉讼，将犯罪线索移送公安机关，待刑事程序终结后恢复审理。
法律依据：根据《行政诉讼法》第66条，法院在审理行政案件中发现犯罪线索的，应将有关材料移送公安、检察机关。

总结建议

1. 区分关联类型：先判断两案是“先决关系”“牵连关系”还是独立诉讼，再选择对应处理方式；
   
2. 主动沟通法院：及时向法院提交另一案的诉讼材料，说明关联性，避免因信息不对称导致程序拖延；
   
3. 灵活选择救济途径：若行政诉讼可能影响民事权益，可考虑在行政诉讼中提出行政赔偿请求，或通过调解、和解等方式一次性解决争议。
   

若您具体案件中涉及此类交集问题，可进一步说明案情细节（如两案的诉讼阶段、争议焦点等），我会为您分析更具体的处理路径。